Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G004193`

染色体: Chr05 坐标: 55808395-55815420 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G004193`
名称	SmilChr05G004193
描述	uncharacterized SmilChr05G004193
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	55808395 - 55815420 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025248`
GeneID	`131025248`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025248`
原始查询	`LOC131025248`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Actin cross-linking protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839599]; symbol=AT1G27100; hit=AT1G27100; species=arabidopsis; confidence=high
产物	Actin cross-linking protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839599]; symbol=AT1G27100; hit=AT1G27100; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT1G27100` (AT1G27100) Actin cross-linking protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839599] identity=49.4; qcov=1.03; evalue=4.36e-160; confidence=high
Rice	`Os03g0801900` - identity=43.5; qcov=0.686; evalue=2.79e-87; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF04601 (DUF569); PF22932 (Ubiq_DUF_assoc)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025248

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057810900.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057810900.1`
3	Cell membrane	细胞膜	0.20000	`XP_057810900.1`
4	Vacuole	液泡	0.20000	`XP_057810900.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057810900.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:55809195`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A14,B29,B57,C22,D8
`Chr5:55809210`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B106
`Chr5:55809420`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B104,B123,B134,C3
`Chr5:55810228`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B2,B24,C29
`Chr5:55810248`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B13
`Chr5:55810445`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A14,B29,B57,D8
`Chr5:55810538`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B37,C48
`Chr5:55810571`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C48,D11
`Chr5:55810589`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B117,B123,B74,C13
`Chr5:55810625`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr5:55814648`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr5:55814932`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B37

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810900.1

509 aa

254

509

DUF569

Ubiq_DUF_assoc

PF04601 DUF569 1-142 aa PF04601 DUF569 217-358 aa PF22932 Ubiq_DUF_assoc 415-492 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057810900.1`	Pfam	`PF04601`	DUF569	Domain	1	142	4.6e-126	416.0	Beta-trefoil domain of unknown function (DUF569)
`XP_057810900.1`	Pfam	`PF04601`	DUF569	Domain	217	358	4.6e-126	416.0	Beta-trefoil domain of unknown function (DUF569)
`XP_057810900.1`	Pfam	`PF22932`	Ubiq_DUF_assoc	Domain	415	492	3.4e-06	27.5	DUF569 associated ubiquitin-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057954917.1
TAATTTCAACCATCTCACAAAACCTCCCACACCAAGAAACAAAATCCTCACACTAATTAAATAAAAATTAATTACAAACCCAATTCTTGACCTATTATTATTATAACTCGACAAACAAACTCTTTTTCACTCACCTAATTTCAATTTTCTTGCATGCCTCAACAAATCCTTCAATTCCTATAATAATTATATTTACTCTCTCCCTCTCTCAAAAAAACAAAAACAAATAATTGATGGAATTCTTCACAAAGACTCCCGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025248
ATGGAATTCTTCACAAAGACTCCCGCCGTGAGGCTGAAGAGCCACCTCAACAAATACCTAGCCGCCGACGACGACCAATCGTCGACGCGGCAGAGCCGCCGCGGCGACGCGCGGCGGGCGCGGTGGCTGGTGGAGCTCGTGGACACGAACCCGCACGTCGTCCGCCTGAAGAGCTGCCACGGCGGCTACCTCACGGCCGCCGCCGATCCGTTCCTCCTCGGCGCCACCGGCCGCAAGGTTCTGCAAACCCTACCGGAAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057810900.1
MEFFTKTPAVRLKSHLNKYLAADDDQSSTRQSRRGDARRARWLVELVDTNPHVVRLKSCHGGYLTAAADPFLLGATGRKVLQTLPENPAKELAIEWQPIRDGFQVKLRAALGGTYLRANGGTPPWRNSVTHDGAHGGGWVVWDVEAVEVAEEAEYWSMVSSFSSVTEEISGLDIGYGFESPVSVRSFAASPSPSPRWWSMKKNHHHLLSIGPRMSAMDLFQNAKAVRLKGSHGKYLVAEDDEVSVTQERSGASKSAKWAV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器