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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G004196

染色体: Chr05 坐标: 55830520-55832866 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G004196
名称SmilChr05G004196
描述LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase FLS2
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向55830520 - 55832866 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025249
GeneID131025249
locus_tag-
NCBI NameLOC131025249
原始查询LOC131025249

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase FLS2
产物LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase FLS2
ArabidopsisAT5G23400 (AT5G23400)
Leucine-rich repeat (LRR) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832405]
identity=33.9; qcov=0.977; evalue=3.82e-91; confidence=low
RiceOs04g0618700 (Os-FLS2)
-
identity=34.5; qcov=1.01; evalue=4.36e-85; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2); PF12799 (LRR_4); PF13516 (LRR_6); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025249

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057810901.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057810901.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057810901.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057810901.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057810901.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:55830820 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr5:55830864 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr5:55830968 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B115,B37
Chr5:55831035 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B61
Chr5:55831141 GCT G 2bp_deletion frameshift_variant 1 B8
Chr5:55831141 GCT G 2bp_deletion CDS_variant 1 B8
Chr5:55831150 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 1 B80
Chr5:55831150 G GT 1bp_insertion CDS_variant 1 B80
Chr5:55831171 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B110,B93,C53
Chr5:55831243 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B117,C8
Chr5:55831294 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr5:55831320 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810901.1
640 aa
N
1
320
640
LRRNT_2
LRR_8
LRR_1
LRR_4
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_4
LRR_1
LRR_14
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_6
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
C
PF08263 LRRNT_2 25-64 aa PF13855 LRR_8 128-188 aa PF00560 LRR_1 130-151 aa PF12799 LRR_4 153-188 aa PF00560 LRR_1 154-175 aa PF13855 LRR_8 177-236 aa PF00560 LRR_1 178-199 aa PF13855 LRR_8 200-260 aa PF00560 LRR_1 201-223 aa PF12799 LRR_4 201-236 aa PF00560 LRR_1 225-247 aa PF23598 LRR_14 275-482 aa PF00560 LRR_1 276-297 aa PF13855 LRR_8 278-334 aa PF00560 LRR_1 299-321 aa PF00560 LRR_1 323-345 aa PF13516 LRR_6 369-382 aa PF00560 LRR_1 371-391 aa PF00560 LRR_1 422-443 aa PF13855 LRR_8 422-480 aa PF00560 LRR_1 498-513 aa PF00560 LRR_1 524-545 aa PF00560 LRR_1 548-568 aa PF00560 LRR_1 595-611 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057810901.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 25 64 3.1e-09 37.7 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057810901.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 128 188 1e-55 186.1 Leucine rich repeat
XP_057810901.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 130 151 7.8e-61 189.5 Leucine Rich Repeat
XP_057810901.1 Pfam PF12799 LRR_4 Repeat 153 188 2e-47 158.8 Leucine Rich repeats (2 copies)
XP_057810901.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 154 175 7.8e-61 189.5 Leucine Rich Repeat
XP_057810901.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 177 236 1e-55 186.1 Leucine rich repeat
XP_057810901.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 178 199 7.8e-61 189.5 Leucine Rich Repeat
XP_057810901.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 200 260 1e-55 186.1 Leucine rich repeat
XP_057810901.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 201 223 7.8e-61 189.5 Leucine Rich Repeat
XP_057810901.1 Pfam PF12799 LRR_4 Repeat 201 236 2e-47 158.8 Leucine Rich repeats (2 copies)
XP_057810901.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 225 247 7.8e-61 189.5 Leucine Rich Repeat
XP_057810901.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 275 482 7.1e-39 134.3 Leucine-rich repeat region
XP_057810901.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 276 297 7.8e-61 189.5 Leucine Rich Repeat
XP_057810901.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 278 334 1e-55 186.1 Leucine rich repeat
XP_057810901.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 299 321 7.8e-61 189.5 Leucine Rich Repeat
XP_057810901.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 323 345 7.8e-61 189.5 Leucine Rich Repeat
XP_057810901.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 369 382 2.7e-08 33.9 Leucine Rich repeat
XP_057810901.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 371 391 7.8e-61 189.5 Leucine Rich Repeat
XP_057810901.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 422 443 7.8e-61 189.5 Leucine Rich Repeat
XP_057810901.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 422 480 1e-55 186.1 Leucine rich repeat
XP_057810901.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 498 513 7.8e-61 189.5 Leucine Rich Repeat
XP_057810901.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 524 545 7.8e-61 189.5 Leucine Rich Repeat
XP_057810901.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 548 568 7.8e-61 189.5 Leucine Rich Repeat
XP_057810901.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 595 611 7.8e-61 189.5 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057954918.1
GATTTTGGCTTTTATTGCAAATAAAAATTAAAAAATCTGTTCATGCCAGATTTCTTTATGGGATTCTGTTAAGAGCATAGTATTTTCATGGGATTCTGTTATATATCACAAAATTGTAATGAGACATCATAATTCAGACATATTCATGCTTTCCCACCATCACAATCTGTAAAGGGGCAAAAACCACAACCAGAAAAGAAAAATCTTACCTTTTCAATATTTTTTGACCAATTCAAGAATTCCTTCCTTCTCTGTTCATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025249
ATGAAGGAAATGTGGTTCAAGATTCTGTGTTTTCTAGCAGTTGCAACCCTCACTGCTGCTGGAGAGACCTGCCACTCCAATGACCTGAAAGGGCTAGCATCTTTTCGGGCAGGGATTCGGTCGGACCCGTCTGCCCGGATGCAGAAGTGGACCGGCCGCGGCTGCTGCAGCTGGGAAGGTGTAACGTGCGACAACGAGACCGGAAGGGTGACAGAGCTCAATCTCCCAGGCCTATTCACTTCAGATGATGTTCCTGTCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057810901.1
MKEMWFKILCFLAVATLTAAGETCHSNDLKGLASFRAGIRSDPSARMQKWTGRGCCSWEGVTCDNETGRVTELNLPGLFTSDDVPVQTSMIGSLSPSITLLTSLQVIDLSGLIGLMGEIPPMIGSRLPGLRKLALSGNKFEGLLPESIGELSELQELYLSENSLTGSIPGSIGNLKGLRILDLQSNRFSGAIPESITNLSNLERLDLQNNFLTGSIPGGIGDLQSLKELDLSNNSLSGRIPSSVTRLRAVSVVYLDNNQL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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