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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002425

染色体: Chr01 坐标: 41763315-41768760 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002425
名称SmilChr01G002425
描述adenine phosphoribosyltransferase 4-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向41763315 - 41768760 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025253
GeneID131025253
locus_tag-
NCBI NameLOC131025253
原始查询LOC131025253

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述adenine phosphoribosyltransferase 4-like
产物adenine phosphoribosyltransferase 4-like
ArabidopsisAT4G12440 (APT4)
adenine phosphoribosyl transferase 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826856]
identity=80.9; qcov=0.618; evalue=1.05e-61; confidence=high
RiceOs07g0484800 (OJ1753_E03.106)
-
identity=82.9; qcov=0.629; evalue=8.83e-67; confidence=high
GOGO:0003999 (adenine phosphoribosyltransferase activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005829 (cytosol); GO:0006168 (adenine salvage)
KEGGsmil00230 (Purine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01232 (Nucleotide metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00156 (Pribosyltran)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025253

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057810910.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057810956.1
3 Chloroplast 叶绿体 0.60000 XP_057810965.1
4 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057810918.1
5 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057810956.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:41764001 TGG T 2bp_deletion frameshift_variant 11 A11,A13,A18,A3,B100,B106,B25,B27,C26,C79,D3
Chr1:41766070 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B119,C33
Chr1:41766749 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C55
Chr1:41767521 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 1 B50
Chr1:41767521 A AG 1bp_insertion CDS_variant 1 B50
Chr1:41767559 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 C7
Chr1:41767559 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 C7
Chr1:41767674 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 9 B101,B13,B134,B25,B33,B54,B73,B78,C53
Chr1:41767680 T TAA 2bp_insertion frameshift_variant 1 C55
Chr1:41767680 T TAA 2bp_insertion CDS_variant 1 C55
Chr1:41768025 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 2 B11,B64
Chr1:41768025 AT A 1bp_deletion CDS_variant 2 B11,B64

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810910.1
187 aa
N
1
94
187
Pribosyltran
C
PF00156 Pribosyltran 39-168 aa
XP_057810918.1
182 aa
N
1
91
182
Pribosyltran
C
PF00156 Pribosyltran 39-167 aa
XP_057810925.1
177 aa
N
1
88
177
Pribosyltran
C
PF00156 Pribosyltran 39-162 aa
XP_057810940.1
169 aa
N
1
84
169
Pribosyltran
C
PF00156 Pribosyltran 47-150 aa
XP_057810948.1
169 aa
N
1
84
169
Pribosyltran
C
PF00156 Pribosyltran 47-150 aa
XP_057810956.1
191 aa
N
1
96
191
Pribosyltran
C
PF00156 Pribosyltran 70-172 aa
XP_057810965.1
164 aa
N
1
82
164
Pribosyltran
C
PF00156 Pribosyltran 47-149 aa
XP_057810974.1
186 aa
N
1
93
186
Pribosyltran
C
PF00156 Pribosyltran 70-171 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057810910.1 Pfam PF00156 Pribosyltran Domain 39 168 2.9e-17 63.2 Phosphoribosyl transferase domain
XP_057810918.1 Pfam PF00156 Pribosyltran Domain 39 167 3.3e-17 62.9 Phosphoribosyl transferase domain
XP_057810925.1 Pfam PF00156 Pribosyltran Domain 39 162 7.7e-17 61.8 Phosphoribosyl transferase domain
XP_057810940.1 Pfam PF00156 Pribosyltran Domain 47 150 4.4e-14 52.8 Phosphoribosyl transferase domain
XP_057810948.1 Pfam PF00156 Pribosyltran Domain 47 150 4.4e-14 52.8 Phosphoribosyl transferase domain
XP_057810956.1 Pfam PF00156 Pribosyltran Domain 70 172 2.6e-13 50.3 Phosphoribosyl transferase domain
XP_057810965.1 Pfam PF00156 Pribosyltran Domain 47 149 5.1e-14 52.6 Phosphoribosyl transferase domain
XP_057810974.1 Pfam PF00156 Pribosyltran Domain 70 171 3.1e-13 50.0 Phosphoribosyl transferase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

9 records

下载 cDNA FASTA
XR_009102118.1
TTGACTTGGGGGAGTTGGAGAGCGGGAGCAGTGGGGTTTGAACCCGAGACCTCACTATTCACACACAGAAGGTCGCACATAAAAAGGAAAAAGGGTGGAATATTAAGGTATGAATTGATAGTATTTGGCCGACATGAAATGTTTGAATAGCAAGAAGATGTTAGTTTGATTCGGTTTGGTTATGGAGTGGATTTCCGCCTCCCTTGTGCACAACACTCACTCCTCCCTATAAATACTCCCAACTTCCGCTCACACTTTTC...
XM_057954935.1
ATCAAACACATGGCACACGAGATTACATGTGTGAGAAAAAACACATCAGAAATTAAATTAATCAATAATTTTATTAATTATGGAGATATTTTTTTTTTTTTTTTGACTTGGGGGAGTTGGAGAGCGGGAGCAGTGGGGTTTGAACCCGAGACCTCACTATTCACACACAGAAGGTCGCACATAAAAAGGAAAAAGGGTGGAATATTAAGGTATGAATTGATAGTATTTGGCCGACATGAAATGTTTGAATAGCAAGAAGA...

CDS

8 records

下载 CDS FASTA
LOC131025253
ATGTCAGCTCTCAAAGCCGACGATCCACGCATTCAAGCCATTCAGTCAAGCATCCGCGTCGTTCCCGACTTCCCAAAACCAGGGATAATGTTTCAAGATATCACCACGCTTCTACTCGACCCCAAGGTTTTCAGAGACACCATTGATTTGTTCGTTGAGCGCTACAAAAGCAAGAGCATTTCTGTAGTTGCTGGGATAGAGGCTCGTGGCTTTATATTTGGTCCCCCTATTGCATTAGCAATTGGAGCAAAGTTTGTTCC...
LOC131025253
ATGGGGTGTGCTGATTTTGTAATGTGGAGGTTTATGTTTTTTTATTTTTATTTTTGTTATTTATATAGAATGACGAATATGAACGGTTCAGAGGGTTCTGAATGTTGGCATGTGCTTCTTAAATTCCATTTGGACATCAAAGGTTTAAATTGTGGTGGTGGTGGTTGGTGGTTGGTGATGGGTTCCCACGATCCACATTGTTTAAGGATAGAGGCTCGTGGCTTTATATTTGGTCCCCCTATTGCATTAGCAATTGGAGC...

Protein

8 records

下载 Protein FASTA
XP_057810910.1
MSALKADDPRIQAIQSSIRVVPDFPKPGIMFQDITTLLLDPKVFRDTIDLFVERYKSKSISVVAGIEARGFIFGPPIALAIGAKFVPLRKPKKLPGEVFRQEYDLEYGSDCLEMHVGALASGERALVVDDLIATGGTLCAAMKLLECAGAEVVECACVIEIPALKMHHQLGVHLILLFYTNVTAIGA
XP_057810918.1
MSALKADDPRIQAIQSSIRVVPDFPKPGIMFQDITTLLLDPKVFRDTIDLFVERYKSKSISVVAGIEARGFIFGPPIALAIGAKFVPLRKPKKLPGEVFRQEYDLEYGSDCLEMHVGALASGERALVVDDLIATGGTLCAAMKLLECAGAEVVECACVIEIPALKGRERLNGKPVYVLVDSQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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