Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G004202`

染色体: Chr05 坐标: 55898937-55902971 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G004202`
名称	SmilChr05G004202
描述	serine/threonine-protein phosphatase PP2A catalytic subunit
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	55898937 - 55902971 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025254`
GeneID	`131025254`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025254`
原始查询	`LOC131025254`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	serine/threonine-protein phosphatase PP2A catalytic subunit
产物	serine/threonine-protein phosphatase PP2A catalytic subunit
Arabidopsis	`AT1G10430` (PP2A-2) protein phosphatase 2A-2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837583] identity=95.1; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os06g0574500` (OsPP2A-1) - identity=93.1; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0000278 (mitotic cell cycle); GO:0004722 (protein serine/threonine phosphatase activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0070262 (peptidyl-serine dephosphorylation)
KEGG	smil03015 (mRNA surveillance pathway - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04136 (Autophagy - other - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04382 (Cornified envelope formation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00149 (Metallophos)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025254

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057810906.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057810906.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057810906.1`
4	Midbody	Midbody	0.40000	`XP_057810906.1`
5	Centrosome	中心体	0.20000	`XP_057810906.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:55899347`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	167	A1,A10,A13,A14,A15,A16,A18,A19,A2,A20,A23,A24,A25,A4,A5,A7,A9,B101,B102,B104,B105,B106,B112,B114,B117,B118,B119,B120,B121,B122,B123,B124,B125,B127,B128,B129,B130,B131,B135,B136,B139,B14,B15,B17,B18,B19,B21,B23,B26,B27,B3,B30,B31,B32,B33,B34,B37,B38,B40,B41,B42,B45,B48,B5,B51,B52,B53,B54,B55,B57,B58,B59,B6,B62,B65,B66,B67,B68,B69,B7,B70,B71,B72,B73,B75,B76,B77,B78,B8,B81,B84,B85,B86,B87,B88,B89,B91,B92,B93,B94,B95,B97,B98,B99,C1,C10,C11,C13,C14,C15,C16,C17,C18,C19,C20,C21,C24,C25,C26,C28,C29,C30,C31,C39,C4,C40,C43,C45,C46,C48,C49,C5,C50,C52,C55,C56,C57,C59,C60,C61,C62,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C7,C70,C72,C73,C76,C78,C80,C81,C82,C83,C84,C85,C9,D1,D10,D2,D4,D5,D6,D8
`Chr5:55899484`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr5:55899487`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B48,B77
`Chr5:55902291`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A18,B122,B29,B63
`Chr5:55902390`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr5:55902551`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B95
`Chr5:55902563`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C77

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810906.1

306 aa

153

306

Metallophos

PF00149 Metallophos 48-241 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057810906.1`	Pfam	`PF00149`	Metallophos	Domain	48	241	3.4e-46	158.9	Calcineurin-like phosphoesterase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057954923.1
ATTTCTAAATTTCCTTTCATTTGGAGTTCATTTGAGTTTCATTTCGCATTCCACCATTTCGTCTCTGTTCTTCACACACACACACACCGCATCAAACAGACACACACAGATATCTCCATTTCAATGTATATATACAGTTCCTATATGTAGAAAAAAAAATCTGATTAATTATCAGCTTTTATGTTAGCACGGAATGGCGGCGATTCAGCTCGAAAAAATCATGAAGGGAAAGCCTGTGATAACTTTTCCTAGAAACCTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025254
ATGCCGGGGCATGGGGATCTGGATAGGCAAATAGAGCAATTGATGGAGTGCAAGCCGCTATCGGAGGCGGAGGTGAAGATTTTGTGCGATCAGGCGCGGGCTATTCTCGTGGAAGAGTGGAATGTGCAGCCGGTGAAATGCCCCGTCACTGTGTGCGGCGATATCCACGGACAGTTTTACGATCTGATCGAGCTGTTCCGGATTGGCGGCAATGCTCCTGACACGAATTATCTCTTCATGGGGGACTACGTCGACCGTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057810906.1
MPGHGDLDRQIEQLMECKPLSEAEVKILCDQARAILVEEWNVQPVKCPVTVCGDIHGQFYDLIELFRIGGNAPDTNYLFMGDYVDRGYYSVETVTLLVALKVRYRDRITILRGNHESRQITQVYGFYDECLRKYGNANVWKFFTDLFDYLPLTALIESQVFCLHGGLSPSLDTLDNIRALDRIQEVPHEGPMCDLLWSDPDDRCGWGISPRGAGYTFGQDIAAQFNHTNGLTLISRAHQLVMEGYNWCQEKNVVTVFSAP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器