Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G004225`

染色体: Chr05 坐标: 56088883-56089469 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G004225`
名称	SmilChr05G004225
描述	ferredoxin, root R-B1-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	56088883 - 56089469 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025272`
GeneID	`131025272`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025272`
原始查询	`LOC131025272`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ferredoxin, root R-B1-like
产物	ferredoxin%2C root R-B1-like
Arabidopsis	`AT2G27510` (FD3) ferredoxin 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817297] identity=60.6; qcov=1.03; evalue=9.23e-63; confidence=high
Rice	`Os05g0443500` (Fd) - identity=66.7; qcov=0.834; evalue=6.27e-61; confidence=high
GO	GO:0009055 (electron transfer activity); GO:0009536 (plastid); GO:0022900 (electron transport chain); GO:0051537 (2 iron, 2 sulfur cluster binding)
KEGG	smil00195 (Photosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00111 (Fer2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025272

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057810953.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.60000	`XP_057810953.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057810953.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057810953.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057810953.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:56088983`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C86
`Chr5:56088992`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,C58
`Chr5:56089114`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C71
`Chr5:56089132`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B129,B140
`Chr5:56089181`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C68
`Chr5:56089257`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B68
`Chr5:56089274`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B93
`Chr5:56089329`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A16

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810953.1

151 aa

151

Fer2

PF00111 Fer2 64-137 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057810953.1`	Pfam	`PF00111`	Fer2	Domain	64	137	4.8e-22	78.4	2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057954970.1
GCCTACACTTCTCAACGGCACTGCCTGCTGCGCTGCACCCAACTCAAAGAGGCATTGCGTCTTTCTCTCTCACTTCACAGCTTCAGGAGAACGGAACATGGCAACTGCAAGGCTTCCCACAGTTGCCATCTTTGGAAGTGCGCCTCGATGCCAAACCACAAGCGCCTTTGTCAAGATACCGTCATCTCTGGGTTCCGTAAAGAGCACCTCTAGAATCTTTGGCTTGAAGGCAAAGCCGGATTTCAAGGCAACTGCCATGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025272
ATGGCAACTGCAAGGCTTCCCACAGTTGCCATCTTTGGAAGTGCGCCTCGATGCCAAACCACAAGCGCCTTTGTCAAGATACCGTCATCTCTGGGTTCCGTAAAGAGCACCTCTAGAATCTTTGGCTTGAAGGCAAAGCCGGATTTCAAGGCAACTGCCATGGCTGTGTACAAGGTGAAATTGGTTGGGCCGGATGGTGCTGAGTGCGAGTTTGAGGCACCCGACGACTGCTACATCCTCGACTCTGCTGAGTCAGCTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057810953.1
MATARLPTVAIFGSAPRCQTTSAFVKIPSSLGSVKSTSRIFGLKAKPDFKATAMAVYKVKLVGPDGAECEFEAPDDCYILDSAESAGVELPYSCRAGACSTCAGKMVSGAVDQSDGSFLDDKQMQEGYLLTCVSYPTSDCVIHTHKESDLY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器