Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G004252`

染色体: Chr05 坐标: 56319435-56322856 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G004252`
名称	SmilChr05G004252
描述	uncharacterized SmilChr05G004252
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	56319435 - 56322856 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025300`
GeneID	`131025300`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025300`
原始查询	`LOC131025300`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817326]; symbol=AT2G27790; hit=AT2G27790; species=arabidopsis; confidence=high
产物	RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817326]; symbol=AT2G27790; hit=AT2G27790; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT2G27790` (AT2G27790) RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817326] identity=54.2; qcov=1.12; evalue=8.67e-87; confidence=high
Rice	`Os02g0105000` (OJ1212_C06.20-1) - identity=59.2; qcov=1.04; evalue=6.42e-86; confidence=high
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0005654 (nucleoplasm)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025300

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057810994.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.80000	`XP_057810994.1`
3	Nuclear speckle	核斑点	0.60000	`XP_057810994.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057810994.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057810994.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:56320792`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B41
`Chr5:56320793`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B18
`Chr5:56320813`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A5,A6
`Chr5:56321597`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B103,B105,B127,B80
`Chr5:56321881`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B131,B86
`Chr5:56321936`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B28
`Chr5:56322091`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B84,C40,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA

XR_009102129.1
AGAATAACTTTGAAAATGGAAACTCTAGATTTCTAATTCTCCTCTAATCTCTCATCTCTCGTTCATCTCCAAATCTCCCTCACTCTCCCGCCGCCTCAGTCACTCTCTCTCACTCCCTCGCCCGGCCGCCGCCCGCTGCCTTACCAGTTCGCTGCCCGCCGCCCCACCAGTTCGCCCGCCCGCTGCCGGCGAAGGCGGGGACAGCAGCAGCTGCAGCAGACGCGACACACCGCACACGCCCTTCCTCCTCCAGTTCGCTC...

XR_009102127.1
TCTAGATTTCTAATTCTCCTCTAATCTCTCATCTCTCGTTCATCTCCAAATCTCCCTCACTCTCCCGCCGCCTCAGTCACTCTCTCTCACTCCCTCGCCCGGCCGCCGCCCGCTGCCTTACCAGTTCGCTGCCCGCCGCCCCACCAGTTCGCCCGCCCGCTGCCGGCGAAGGCGGGGACAGCAGCAGCTGCAGCAGACGCGACACACCGCACACGCCCTTCCTCCTCCAGTTCGCTCGCCGCCCCTCTTTCCCTTCTCGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025300
ATGCCTAAATACAAAAACGAGCCCCTTGCAGTTCGCGTTTATACAGTTTGCGATGAATCAAAGTACCTGATTGTAAGGAATGTTCCTTCCTTGGGTTGTGGCGATGAGCTCTTGAAATTGCTCTCTTCTTATGGCCCAGTTGCAGAATGTAAGCCGATGGATGCCGAAGACTGTGAGGTGTATACCGATGTTTATTGGATCAAATTTCATCAAGTTAACAATGCTAGGTTTGCCAAAAGAAAGTTAGATGAGTCTATTTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057810994.1
MPKYKNEPLAVRVYTVCDESKYLIVRNVPSLGCGDELLKLLSSYGPVAECKPMDAEDCEVYTDVYWIKFHQVNNARFAKRKLDESIFLGNRIQVTYAPEYESLSDTKEKLEGRRKEVLARLNPRRSKGPSDSSREPSSASTPSLKDSCPPNSSLPQRQMSESRDAITGHASSMPLVSSDKEYFPSESMNQTVKLVRDKLNKIESSSEHAASGPSKKARVDNRRRI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器