Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G004254`

染色体: Chr05 坐标: 56328187-56331674 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G004254`
名称	SmilChr05G004254
描述	uncharacterized SmilChr05G004254
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	56328187 - 56331674 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025302`
GeneID	`131025302`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025302`
原始查询	`LOC131025302`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843387]; symbol=AT1G70505; hit=AT1G70505; species=arabidopsis; confidence=high
产物	uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843387]; symbol=AT1G70505; hit=AT1G70505; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT1G70505` (AT1G70505) uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843387] identity=50.3; qcov=1.03; evalue=8.9e-111; confidence=high
Rice	`Os01g0171800` - identity=45.1; qcov=1.05; evalue=6.62e-95; confidence=high
GO	GO:0016020 (membrane)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025302

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057810995.1`
2	Endoplasmic reticulum	内质网	0.20000	`XP_057810995.1`
3	Vacuole	液泡	0.20000	`XP_057810995.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057810995.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057810995.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:56328888`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B109,B131,C40,C79,D9
`Chr5:56328930`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B84
`Chr5:56328937`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B17,C5,C63
`Chr5:56329011`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C72
`Chr5:56329026`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D9
`Chr5:56329031`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B17,C5,C63
`Chr5:56329046`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B103,B105,B127,B80
`Chr5:56329065`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B110,B22,D11
`Chr5:56329183`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B84
`Chr5:56329804`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B1,B48,B77
`Chr5:56329824`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	D10,D9
`Chr5:56329865`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B103,B105,B127,B80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955013.1
GATCTTGATTGGAAGATACTCTTACTTAATAATAGGAGTAGTCAATACAGGTGATGGAGCAGCTCTTTGTCAAATTCAACTTCTCACCCCTCTTTCTCTTCTCCACACCCACACTTCTCTTGCTGAATTCCCTACAAAATTGACGTTTCTCCAGTTTTGAAATTGATTGCCTTTTCTAAGAGTGTTGTATGGTGGTTGGTGGGCTGTGATGGCGACGGACACGACGGCCCCGAGCTACTGGCTGAACTGGAGATTCTTGC...

XM_057955012.1
TAGTCAATACAGGTGATGGAGCAGCTCTTTGTCAAATTCAACTTCTCACCCCTCTTTCTCTTCTCCACACCCACACTTCTCTTGCTGAATTCCCTACAAAATTGACGTTTCTCCAGTTTTGAAATTGATTGCCTTTTCTAGTGTTGTATGGTGGTTGGTGGGCTGTGATGGCGACGGACACGACGGCCCCGAGCTACTGGCTGAACTGGAGATTCTTGCTGTGTGCAATATGGATCGTGGTGACTATGATCGCTGCAGCG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131025302
ATGGCGACGGACACGACGGCCCCGAGCTACTGGCTGAACTGGAGATTCTTGCTGTGTGCAATATGGATCGTGGTGACTATGATCGCTGCAGCGCTCATTATATGGAGGTATGAGGGGCGTGGCTCGTCTAGGGGACGTGCAAGTGGGGGTCGGAGGAACAAGGGCGCGTCTTGGGCAACATGCTCGAGATCAATCCATCCCGTTTGGCTGCTTGGTTTTCGGATTGTTGCTTTCTGCGCCTTGCTAGGATTGATCCTTGC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057810995.1
MATDTTAPSYWLNWRFLLCAIWIVVTMIAAALIIWRYEGRGSSRGRASGGRRNKGASWATCSRSIHPVWLLGFRIVAFCALLGLILADTIIHGVGIFYFYTEWTFTLVTIYFGLASSLSILGCLKGEPKGDRSIAADAERGPFVAPADADEDAHTAKISFNDSHHDPTPVIASIGEYAFQIIFQMCAGAVMLTDSVYWLVLYSKDDDLTFLIVCMHSVNAVFLLGDTILNSVSFPFFRIAYFALWTCVFVIFQWIIHACV...

XP_057810996.1
MATDTTAPSYWLNWRFLLCAIWIVVTMIAAALIIWRYEGRGSSRGRASGGRRNKGASWATCSRSIHPVWLLGFRIVAFCALLGLILADTIIHGVGIFYFYTEWTFTLVTIYFGLASSLSILGCLKGEPKGDRSIAADAERGPFVAPADADEDAHTAKISFNDSHHDPTPVIASIGEYAFQIIFQMCAGAVMLTDSVYWLVLYSKDDDLTFLIVCMHSVNAVFLLGDTILNSVSFPFFRIAYFALWTCVFVIFQWIIHACV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器