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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002430

染色体: Chr01 坐标: 41837718-41842905 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002430
名称SmilChr01G002430
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g39952, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向41837718 - 41842905 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025315
GeneID131025315
locus_tag-
NCBI NameLOC131025315
原始查询LOC131025315

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g39952, mitochondrial
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At4g39952%2C mitochondrial
ArabidopsisAT4G39952 (AT4G39952)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830155]
identity=49; qcov=0.997; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0463800
-
identity=44.8; qcov=0.945; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025315

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057811031.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057811031.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811031.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811031.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057811031.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:41839531 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C55,D11
Chr1:41839795 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:41839844 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A21,B104,B138,D10
Chr1:41839907 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A21,B104,B138,D10
Chr1:41840029 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:41840091 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr1:41841462 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:41841524 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,B104,B138
Chr1:41841561 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B111,B77,C25,C34
Chr1:41841658 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811031.1
776 aa
N
1
388
776
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR_3
PPR
PPR
E_motif
C
PF01535 PPR 94-121 aa PF01535 PPR 195-222 aa PF01535 PPR 300-326 aa PF01535 PPR 371-392 aa PF01535 PPR 401-430 aa PF01535 PPR 472-493 aa PF13812 PPR_3 498-544 aa PF13041 PPR_2 498-545 aa PF01535 PPR 500-528 aa PF01535 PPR 573-599 aa PF13041 PPR_2 598-647 aa PF13812 PPR_3 599-645 aa PF01535 PPR 601-630 aa PF13812 PPR_3 622-681 aa PF01535 PPR 637-664 aa PF01535 PPR 673-696 aa PF20431 E_motif 715-774 aa
XP_057811032.1
776 aa
N
1
388
776
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR_3
PPR
PPR
E_motif
C
PF01535 PPR 94-121 aa PF01535 PPR 195-222 aa PF01535 PPR 300-326 aa PF01535 PPR 371-392 aa PF01535 PPR 401-430 aa PF01535 PPR 472-493 aa PF13812 PPR_3 498-544 aa PF13041 PPR_2 498-545 aa PF01535 PPR 500-528 aa PF01535 PPR 573-599 aa PF13041 PPR_2 598-647 aa PF13812 PPR_3 599-645 aa PF01535 PPR 601-630 aa PF13812 PPR_3 622-681 aa PF01535 PPR 637-664 aa PF01535 PPR 673-696 aa PF20431 E_motif 715-774 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057811031.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 94 121 9.5e-67 217.4 PPR repeat
XP_057811031.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 195 222 9.5e-67 217.4 PPR repeat
XP_057811031.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 300 326 9.5e-67 217.4 PPR repeat
XP_057811031.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 371 392 9.5e-67 217.4 PPR repeat
XP_057811031.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 401 430 9.5e-67 217.4 PPR repeat
XP_057811031.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 472 493 9.5e-67 217.4 PPR repeat
XP_057811031.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 498 544 6e-24 84.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057811031.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 498 545 1.2e-65 218.1 PPR repeat family
XP_057811031.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 500 528 9.5e-67 217.4 PPR repeat
XP_057811031.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 573 599 9.5e-67 217.4 PPR repeat
XP_057811031.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 598 647 1.2e-65 218.1 PPR repeat family
XP_057811031.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 599 645 6e-24 84.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057811031.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 601 630 9.5e-67 217.4 PPR repeat
XP_057811031.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 622 681 6e-24 84.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057811031.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 637 664 9.5e-67 217.4 PPR repeat
XP_057811031.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 673 696 9.5e-67 217.4 PPR repeat
XP_057811031.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 715 774 8.6e-13 49.1 E motif
XP_057811032.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 94 121 9.5e-67 217.4 PPR repeat
XP_057811032.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 195 222 9.5e-67 217.4 PPR repeat
XP_057811032.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 300 326 9.5e-67 217.4 PPR repeat
XP_057811032.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 371 392 9.5e-67 217.4 PPR repeat
XP_057811032.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 401 430 9.5e-67 217.4 PPR repeat
XP_057811032.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 472 493 9.5e-67 217.4 PPR repeat
XP_057811032.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 498 544 6e-24 84.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057811032.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 498 545 1.2e-65 218.1 PPR repeat family
XP_057811032.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 500 528 9.5e-67 217.4 PPR repeat
XP_057811032.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 573 599 9.5e-67 217.4 PPR repeat
XP_057811032.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 598 647 1.2e-65 218.1 PPR repeat family
XP_057811032.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 599 645 6e-24 84.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057811032.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 601 630 9.5e-67 217.4 PPR repeat
XP_057811032.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 622 681 6e-24 84.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057811032.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 637 664 9.5e-67 217.4 PPR repeat
XP_057811032.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 673 696 9.5e-67 217.4 PPR repeat
XP_057811032.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 715 774 8.6e-13 49.1 E motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955049.1
AGTTAAAAATATGAAAGATAAATCAACCCTAAAATAAAGTAAATTAACTGAAAATGTAAAAGTTAAATCAGCGTATCTCTCTGACTCGCTCGTTGCCTCGCATATCTCTCGCCGCCGGCGCCCGGGCCGCCCCGCCCTGCCTCCTCCGGTTACAGCTGCAGCACGGCACGTCGGCAGCAGCGCTGCAAGCCTGCAGCAGTCCGCCTCTCCAGCTGCATCAGTGCGGCAGACGGCAGTCCGCCTCGACACCTGCCAGCTGA...
XM_057955048.1
AGTTAAAAATATGAAAGATAAATCAACCCTAAAATAAAGTAAATTAACTGAAAATGTAAAAGTTAAATCAGCGTATCTCTCTGACTCGCTCGTTGCCTCGCATATCTCTCGCCGCCGGCGCCCGGGCCGCCCCGCCCTGCCTCCTCCGGTTACAGCTGCAGCACGGCACGTCGGCAGCAGCGCTGCAAGCCTGCAGCAGTCCGCCTCTCCAGCTGCATCAGTGCGGCAGACGGCAGTCCGCCTCGACACCTGCCAGCTGT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131025315
ATGTTTGTAGTCACACTTCCAAAGCTCCACAGACATCTCCATTCTTCTTGTTTGATTGTGGATTCGGTATCGAGTTACCTTACAAAACACATTGACTCTTTCCTCACTACCAATTCCTTGGACCACAAGACCCTTCTCTCTGCCCATGCATCTATCATAACAACCGGTCATGCACACAATAAATTCATTGCATCAAAGCTGATAGCATATTATGCCTCCCTCAACCAGTCCCATATTTCAACCAAAGTTTTTGATTCCCT...
LOC131025315
ATGTTTGTAGTCACACTTCCAAAGCTCCACAGACATCTCCATTCTTCTTGTTTGATTGTGGATTCGGTATCGAGTTACCTTACAAAACACATTGACTCTTTCCTCACTACCAATTCCTTGGACCACAAGACCCTTCTCTCTGCCCATGCATCTATCATAACAACCGGTCATGCACACAATAAATTCATTGCATCAAAGCTGATAGCATATTATGCCTCCCTCAACCAGTCCCATATTTCAACCAAAGTTTTTGATTCCCT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057811031.1
MFVVTLPKLHRHLHSSCLIVDSVSSYLTKHIDSFLTTNSLDHKTLLSAHASIITTGHAHNKFIASKLIAYYASLNQSHISTKVFDSLTFKDHFLWNSIIKAHFSNGDHVQAIGFFSKMRFAGNLPTQFTIPMVVSACAELQSLSIGMKIHGLVSKLNLFHGNSAVGASFVYMYSKCGAMDYASLKFDEIIVKDVVVWTALVIGYVQNGKSEKGFQCLCEMHRTGGNSEKLNFRTLEGGFQACGNLCALVEGRCLHALALK...
XP_057811032.1
MFVVTLPKLHRHLHSSCLIVDSVSSYLTKHIDSFLTTNSLDHKTLLSAHASIITTGHAHNKFIASKLIAYYASLNQSHISTKVFDSLTFKDHFLWNSIIKAHFSNGDHVQAIGFFSKMRFAGNLPTQFTIPMVVSACAELQSLSIGMKIHGLVSKLNLFHGNSAVGASFVYMYSKCGAMDYASLKFDEIIVKDVVVWTALVIGYVQNGKSEKGFQCLCEMHRTGGNSEKLNFRTLEGGFQACGNLCALVEGRCLHALALK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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