Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G004279`

染色体: Chr05 坐标: 56593536-56595816 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G004279`
名称	SmilChr05G004279
描述	protein PAL OF QUIRKY-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	56593536 - 56595816 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025331`
GeneID	`131025331`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025331`
原始查询	`LOC131025331`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein PAL OF QUIRKY-like
产物	protein PAL OF QUIRKY-like
Arabidopsis	`AT3G26510` (AT3G26510) Octicosapeptide/Phox/Bem1p family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822258] identity=62.4; qcov=0.7; evalue=4.46e-49; confidence=medium
Rice	`Os11g0444700` (OsPB1) - identity=58.6; qcov=0.7; evalue=1.23e-42; confidence=medium
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF00564 (PB1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025331

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057811041.1`
2	Cell membrane	细胞膜	0.20000	`XP_057811041.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811041.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057811041.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057811041.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:56593788`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B50,B69,B71,C62
`Chr5:56594293`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C47
`Chr5:56594309`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B51,C38
`Chr5:56594325`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C58

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811041.1

210 aa

105

210

PB1

PF00564 PB1 29-109 aa

XP_057811042.1

190 aa

190

PB1

PF00564 PB1 29-109 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811041.1`	Pfam	`PF00564`	PB1	Domain	29	109	3.7e-20	72.4	PB1 domain
`XP_057811042.1`	Pfam	`PF00564`	PB1	Domain	29	109	3e-20	72.7	PB1 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XR_009102147.1
CGCCCCCGCCCCCAATCCTCTGAGACCCTTCTCGAAAACTCTATAAATAGTAGCGCATTGAGCCATACATAGGCTTGAAGAAGCAACTCCAAAGCCTCTTCAATTCCCTCTCTCTCTAAATTAGTACCCAAATCCCCAATTAAGCTAGCCAACCGGAACCCTAAATAGGAGCGAATCATGATCGGAGCTCCCCTCAGCTCTCACAAGCTCAGTCTCAAACTCCTCTGCAGCTACGGCGGCCGCATCCTCCCCCGGTATCC...

XM_057955058.1
ACTCAGCTCGGGCAAGGGGGCCAAAACCCGCCCCCGCCCCCAATCCTCTGAGACCCTTCTCGAAAACTCTATAAATAGTAGCGCATTGAGCCATACATAGGCTTGAAGAAGCAACTCCAAAGCCTCTTCAATTCCCTCTCTCTCTAAATTAGTACCCAAATCCCCAATTAAGCTAGCCAACCGGAACCCTAAATAGGAGCGAATCATGATCGGAGCTCCCCTCAGCTCTCACAAGCTCAGTCTCAAACTCCTCTGCAGCT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131025331
ATGATCGGAGCTCCCCTCAGCTCTCACAAGCTCAGTCTCAAACTCCTCTGCAGCTACGGCGGCCGCATCCTCCCCCGGTATCCCGACGGGAAGCTACGTTACCACGGCGGCGACACCCGCGTCCTATCCGTCGACCGCTCCATTTCGTTTTCCGAGCTGCTGGTGAAATTGGGGGAGTTGTGTGGAAATTCGGTGACTCTGAGATGCCAGTTGCCGAATGAAGATCTGGACGCGCTAGTGTCGATCACCTCCGACGAGGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057811041.1
MIGAPLSSHKLSLKLLCSYGGRILPRYPDGKLRYHGGDTRVLSVDRSISFSELLVKLGELCGNSVTLRCQLPNEDLDALVSITSDEDLANLIEEYDRAAAASPSSSLKIRAFLSAPKSTKKTSSPPSSSASSSSNGSTSPKSPFYSSLPPRYPMSGGGRCIRHASRPPVYPIIGEKAAGKLPHNYVYQCHSHSHGNGGHVFVVQNGSHWQ

XP_057811042.1
MIGAPLSSHKLSLKLLCSYGGRILPRYPDGKLRYHGGDTRVLSVDRSISFSELLVKLGELCGNSVTLRCQLPNEDLDALVSITSDEDLANLIEEYDRAAAASPSSSLKIRAFLSAPKSTKKTSSPPSSSASSSSNGSTSPKSPFYSSLPPRYPMSGGGRCIRHASRPPVYPIIGGEGSFIFRSRFLTRVK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器