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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G004280`

染色体: Chr05 坐标: 56600912-56605655 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G004280`
名称	SmilChr05G004280
描述	histidine--tRNA ligase, cytoplasmic
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	56600912 - 56605655 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025332`
GeneID	`131025332`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025332`
原始查询	`LOC131025332`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	histidine--tRNA ligase, cytoplasmic
产物	histidine--tRNA ligase%2C cytoplasmic
Arabidopsis	`AT3G02760` (AT3G02760) Class II aaRS and biotin synthetases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820930] identity=56.6; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os05g0150900` - identity=52.2; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004821 (histidine-tRNA ligase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005739 (mitochondrion); GO:0006427 (histidyl-tRNA aminoacylation); GO:0032543 (mitochondrial translation)
KEGG	smil00970 (Aminoacyl-tRNA biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF03129 (HGTP_anticodon); PF13393 (tRNA-synt_His)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025332

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057811043.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	1.00000	`XP_057811043.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057811043.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811043.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057811043.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:56601058`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B129
`Chr5:56601071`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C39
`Chr5:56601072`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C39
`Chr5:56601158`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D1
`Chr5:56601293`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B86
`Chr5:56601581`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B51,C38
`Chr5:56601613`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B129
`Chr5:56601639`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr5:56601797`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C8
`Chr5:56602012`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A10
`Chr5:56602066`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	D10
`Chr5:56602066`	`AT`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811043.1

876 aa

438

876

tRNA-synt_His

HGTP_anticodon

PF13393 tRNA-synt_His 446-764 aa PF03129 HGTP_anticodon 783-870 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811043.1`	Pfam	`PF13393`	tRNA-synt_His	Domain	446	764	4.8e-41	141.7	Histidyl-tRNA synthetase
`XP_057811043.1`	Pfam	`PF03129`	HGTP_anticodon	Domain	783	870	2.6e-12	47.4	Anticodon binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955060.1
TAAACCCCTTAAATTTCGGTCCACTAAAAGTTCAATTTTCGAAAACCCCTGATTTCGGTTCCTTTCTCTCTCATCAACCTTTTGTTTCTCTCACCTCTCCAGCGGCACTGCGGCGATGGCGGCGTCGGCGTCGGCGGGGAGACGCACGGTCACGCTCGGCGGCAAAGGCTCTTCTCTGACGTCCTCCTCCGTCTTCGACGTCGCGAGCGGCTTAGCTCGCGTAACCTTAGATTCCTCCGCACTCTCGCGTCGCTCCTCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025332
ATGGCGGCGTCGGCGTCGGCGGGGAGACGCACGGTCACGCTCGGCGGCAAAGGCTCTTCTCTGACGTCCTCCTCCGTCTTCGACGTCGCGAGCGGCTTAGCTCGCGTAACCTTAGATTCCTCCGCACTCTCGCGTCGCTCCTCCTCCAACTCTTCCATTTCCGCCGCAAAATTCTCTTTCACGATTCCCGATTACTTCACGCCGAAGGAAGCTAGGGCTTCTGTAATTCTGCTGCTGAATAAGCTCTTGCTTTCTTCCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811043.1
MAASASAGRRTVTLGGKGSSLTSSSVFDVASGLARVTLDSSALSRRSSSNSSISAAKFSFTIPDYFTPKEARASVILLLNKLLLSSSSSACAQLIEILELNDLGSDYTLDNVASDDLAVLDYSAAAIAGVSAILDHRSSALVSIVDAVAALSCEALRADASPFNLMDSGDGSTAKDAVAVASDFKVFFNGSKLVNSGKKLSDASVAEIPSLHGDFRDVSRSLHSRTRVQLNSGFGAGSAKVLTMALGSLASSLSYLGINS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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