Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G004295`

染色体: Chr05 坐标: 56683362-56685230 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G004295`
名称	SmilChr05G004295
描述	GDSL esterase/lipase At3g26430-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	56683362 - 56685230 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025347`
GeneID	`131025347`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025347`
原始查询	`LOC131025347`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	GDSL esterase/lipase At3g26430-like
产物	GDSL esterase/lipase At3g26430-like
Arabidopsis	`AT3G26430` (AT3G26430) GDSL-like Lipase/Acylhydrolase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822247] identity=60; qcov=0.995; evalue=4.87e-168; confidence=high
Rice	`Os07g0586100` (OsGELP91) - identity=59.5; qcov=0.937; evalue=6.02e-151; confidence=high
GO	GO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds)
KEGG	-
Pfam	PF00657 (Lipase_GDSL)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025347

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	0.80000	`XP_057811060.1`
2	Vacuole	液泡	0.40000	`XP_057811059.1`
3	Cell wall	细胞壁	0.20000	`XP_057811060.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057811059.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811059.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:56683688`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B12,B55,C20
`Chr5:56683853`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B73,D11
`Chr5:56684048`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A5,B50,B73,D11
`Chr5:56684554`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	15	B100,B101,B102,B106,B108,B16,B41,B48,B65,B72,C28,C43,C45,C72,C74
`Chr5:56684630`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	D10
`Chr5:56684630`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr5:56684667`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B115,C4
`Chr5:56685005`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A23,B133

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811059.1

406 aa

203

406

Lipase_GDSL

PF00657 Lipase_GDSL 34-386 aa

XP_057811060.1

380 aa

190

380

Lipase_GDSL

PF00657 Lipase_GDSL 34-360 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811059.1`	Pfam	`PF00657`	Lipase_GDSL	Family	34	386	3.6e-44	152.1	GDSL-like Lipase/Acylhydrolase
`XP_057811060.1`	Pfam	`PF00657`	Lipase_GDSL	Family	34	360	3e-45	155.7	GDSL-like Lipase/Acylhydrolase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955077.1
ACGATAAAGAAGGTCAGCTGTCATTCAAAAAAAAAAAAACTTAGCTCTGACTAGTCTTTAGCCTCATTGATCAACTCCAATAAATAGAAAATTCTAAAAAATCTTGTCAAAAACCACCTCAGATCTCATGGAGTTTAAGGTTTGTGCTTTGCATTTCCTGCTAATAGCTAACATACTTCTTGTGCAAAGCTCAGTTCTTGGCTCAAACAAGTGCAACTTCCCAGCCATCTTCAACTTTGGCGACTCGAATTCAGACACCG...

XM_057955076.1
TCTTTAGCCTCATTGATCAACTCCAATAAATAGAAAATTCTAAAAAATCTTGTCAAAAACCACCTCAGATCTCATGGAGTTTAAGGTTTGTGCTTTGCATTTCCTGCTAATAGCTAACATACTTCTTGTGCAAAGCTCAGTTCTTGGCTCAAACAAGTGCAACTTCCCAGCCATCTTCAACTTTGGCGACTCGAATTCAGACACCGGTGGCTTCTCCGCCGCCTTCAGCCCAGTTCCTCCTCCCTATGGAGAAACATTCT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131025347
ATGGAGTTTAAGGTTTGTGCTTTGCATTTCCTGCTAATAGCTAACATACTTCTTGTGCAAAGCTCAGTTCTTGGCTCAAACAAGTGCAACTTCCCAGCCATCTTCAACTTTGGCGACTCGAATTCAGACACCGGTGGCTTCTCCGCCGCCTTCAGCCCAGTTCCTCCTCCCTATGGAGAAACATTCTTCCACGCCCCGGCTGGCCGTAACAGCGACGGCCGTCTCATCATAGATTTCATAGCTGAGAGCCTAGGATTGCC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057811059.1
MEFKVCALHFLLIANILLVQSSVLGSNKCNFPAIFNFGDSNSDTGGFSAAFSPVPPPYGETFFHAPAGRNSDGRLIIDFIAESLGLPYLSAFLDSVGSNFSHGANFATSASTIRPQNLSLSKGGYSPISLDVQQVEYSGFVARSQAVRAKGSHLQQVFSCPSWSVFASFYSSLYYAGLSLDSLPEKDYFSRALYTFDIGQNDITAGLDTNLTLEEIKAQVPDMIGQFSSVIKEVYSLGGRSFWIHNTAPLGCLTYVLDAL...

XP_057811060.1
MEFKVCALHFLLIANILLVQSSVLGSNKCNFPAIFNFGDSNSDTGGFSAAFSPVPPPYGETFFHAPAGRNSDGRLIIDFIAESLGLPYLSAFLDSVGSNFSHGANFATSASTIRPQNLSLSKGGYSPISLDVQQVEYSGFVARSQAVRAKGLSLDSLPEKDYFSRALYTFDIGQNDITAGLDTNLTLEEIKAQVPDMIGQFSSVIKEVYSLGGRSFWIHNTAPLGCLTYVLDALAATTPEVDRYGCLIPYNEASQHFNAK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器