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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G004305

染色体: Chr05 坐标: 56760473-56765492 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G004305
名称SmilChr05G004305
描述ABC transporter B family member 15-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向56760473 - 56765492 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025356
GeneID131025356
locus_tag-
NCBI NameLOC131025356
原始查询LOC131025356

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ABC transporter B family member 15-like
产物ABC transporter B family member 15-like
ArabidopsisAT3G28345 (ABCB15)
ABC transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822463]
identity=50.5; qcov=0.999; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0190300 (OsABCB9)
-
identity=50.8; qcov=0.994; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005524 (ATP binding); GO:0016020 (membrane); GO:0016887 (ATP hydrolysis activity); GO:0055085 (transmembrane transport); GO:0140359 (ABC-type transporter activity)
KEGGsmil02010 (ABC transporters - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00005 (ABC_tran); PF00664 (ABC_membrane)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025356

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057811072.1
2 Vacuole 液泡 0.80000 XP_057811072.1
3 Vacuole membrane 液泡膜 0.80000 XP_057811072.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057811072.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811072.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:56760533 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B136
Chr5:56760586 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 10 A18,B126,B22,B33,B40,B89,B95,C39,C49,C63
Chr5:56760621 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr5:56760649 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:56760659 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr5:56760687 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B103,B91,C24,C41,C45
Chr5:56760733 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B2,B99,C43,C8
Chr5:56760735 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B88
Chr5:56760735 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B88
Chr5:56760739 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B107,B138,C55
Chr5:56760778 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B107,B138,C45,C55
Chr5:56760898 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B136

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811072.1
1246 aa
N
1
623
1246
ABC_membrane
ABC_tran
ABC_membrane
ABC_tran
C
PF00664 ABC_membrane 16-281 aa PF00005 ABC_tran 359-507 aa PF00664 ABC_membrane 678-948 aa PF00005 ABC_tran 1017-1166 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057811072.1 Pfam PF00664 ABC_membrane Family 16 281 8e-85 285.6 ABC transporter transmembrane region
XP_057811072.1 Pfam PF00005 ABC_tran Domain 359 507 4.6e-70 235.3 ABC transporter
XP_057811072.1 Pfam PF00664 ABC_membrane Family 678 948 8e-85 285.6 ABC transporter transmembrane region
XP_057811072.1 Pfam PF00005 ABC_tran Domain 1017 1166 4.6e-70 235.3 ABC transporter

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955089.1
AAGAATCCTGCAATCTGCCTTCATAGGATGTGTCAAGTTTCATTATTTTCATCAAAATCTAGTGATAGAAGCTAGAGAGAAAGATCCTTGATCATTATTTGTATACATCACTACAATTCAAGAACTGCAAAAAACAAGGAAAAAAAAAATGGGAGGCCTTTTTAGGTGTGCTGATAGTGTTGACAAGCTGTTCATGCTCATCGGCACCGTGGGCTGCATCGGTGAAGGCATGGCGTCTCCGGTCACCATGTACGTGTTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025356
ATGGGAGGCCTTTTTAGGTGTGCTGATAGTGTTGACAAGCTGTTCATGCTCATCGGCACCGTGGGCTGCATCGGTGAAGGCATGGCGTCTCCGGTCACCATGTACGTGTTGAGCGGAGCATTAGACGCCTTTGGCAGCGCGGATCAGTCCATTTCCAACGACGTGGTGAATAAGTATGCACTTAGGCTGCTCTACGTTGGTGTGGGAGTTGCATTTTGTGGTTTGTTAGAAGGGCTTTGCTGGACAAGAACTGCAGAGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811072.1
MGGLFRCADSVDKLFMLIGTVGCIGEGMASPVTMYVLSGALDAFGSADQSISNDVVNKYALRLLYVGVGVAFCGLLEGLCWTRTAERQTSRMRMEYLRSVLRQEVGFFDGEDVSSRTFQIVSSTSSDALTIQDVIANKIPNSLVQICSLVVGVAVALVLSWHLALASLPLVLSFIIPVLAFGKVMADIGIRSKDAYGVAGDIVEQAVSNVRTVYSYVAEAKTVARYNSALEESTELGIKQGLMKGYMIGSMGMMFATWAF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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