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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002438

染色体: Chr01 坐标: 41963510-41967310 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002438
名称SmilChr01G002438
描述enoyl-CoA hydratase 2, peroxisomal-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向41963510 - 41967310 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025406
GeneID131025406
locus_tag-
NCBI NameLOC131025406
原始查询LOC131025406

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述enoyl-CoA hydratase 2, peroxisomal-like
产物enoyl-CoA hydratase 2%2C peroxisomal-like
ArabidopsisAT1G76150 (ECH2)
enoyl-CoA hydratase 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843947]
identity=62.2; qcov=0.987; evalue=1.72e-146; confidence=high
RiceOs09g0544900
-
identity=61.2; qcov=1; evalue=5.06e-141; confidence=high
GOGO:0005777 (peroxisome)
KEGG-
PfamPF01575 (MaoC_dehydratas); PF22622 (MFE-2_hydrat-2_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025406

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Peroxisome 过氧化物酶体 1.00000 XP_057811139.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057811139.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811139.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811139.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057811139.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:41963926 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B47,C26
Chr1:41966734 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B110,B33,C25,D3
Chr1:41966779 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A13,B32,C16,C55,C65

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811139.1
308 aa
N
1
154
308
MFE-2_hydrat-2_N
MaoC_dehydratas
C
PF22622 MFE-2_hydrat-2_N 22-155 aa PF01575 MaoC_dehydratas 194-294 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057811139.1 Pfam PF22622 MFE-2_hydrat-2_N Domain 22 155 2.1e-35 122.1 MFE-2 hydratase 2 N-terminal domain
XP_057811139.1 Pfam PF01575 MaoC_dehydratas Domain 194 294 7.6e-24 84.4 MaoC like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955156.1
CTAAAACCCATACGTACTGACATCGTATAGATATTCGTAATTCCCCATACCATACGCAAATATTTTAGGACTACTAAAATTATTGCTTAACCACATACCTCTCTTTTCTCAAATTCTCTCTTAATTTTGAAAAAAATCTGCAAATTTGTTTCACTTAAAATTCATCCATGGCTGGAACATCGGAGATTGATCCCCAACTCGTTATTTCACACGAATTTCCTGAGACGACCTACAGCTATACTGAAAGGGACGCTGCACTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025406
ATGGCTGGAACATCGGAGATTGATCCCCAACTCGTTATTTCACACGAATTTCCTGAGACGACCTACAGCTATACTGAAAGGGACGCTGCACTGTATGCACTTGGTGTTGGAGCTTGCTCGAGAGATGCGGTGGATGATAAGGAGCTGAAATATGTTTACCATCAAGATGGACAGCAATCGATTGAGGTTTTGCCAACATTTGCTAGTTTATTTTCTGTTGGACTTCAGTCACGGATTCTAGGGATGCCGGGTTTGGAATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811139.1
MAGTSEIDPQLVISHEFPETTYSYTERDAALYALGVGACSRDAVDDKELKYVYHQDGQQSIEVLPTFASLFSVGLQSRILGMPGLEFDPRLLLHGQQYIEIYKPLPSNGCILNKATVSGLHDKGKSTVLEVEILSYEKESGIQLCMQRVAVYLRGAGGFSKSSQPYSYTKYPSGQAPTYKIPKSQPFAVFEECTHPSQALLYRLSGDYNPLHSDPRVAEIAGFSRPILHGLCTLGFAVRAIVNSICRGDQNMIRNITGRF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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