Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G004376

染色体: Chr05 坐标: 57274285-57277347 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G004376
名称SmilChr05G004376
描述ranBP2-type zinc finger protein At1g67325
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向57274285 - 57277347 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025424
GeneID131025424
locus_tag-
NCBI NameLOC131025424
原始查询LOC131025424

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ranBP2-type zinc finger protein At1g67325
产物ranBP2-type zinc finger protein At1g67325
ArabidopsisAT1G67325 (AT1G67325)
Ran BP2/NZF zinc finger-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843053]
identity=69.4; qcov=1.02; evalue=1.71e-132; confidence=high
RiceOs08g0521400 (OJ1003_A09.35-3)
-
identity=56.4; qcov=1.02; evalue=1.47e-88; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF00641 (Zn_ribbon_RanBP)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025424

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057811166.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057811166.1
3 Nucleoplasm 核质 0.80000 XP_057811167.1
4 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.20000 XP_057811166.1
5 Nuclear speckle 核斑点 0.20000 XP_057811167.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:57275623 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:57275704 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B95
Chr5:57276852 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B112,B61,C74
Chr5:57276875 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B4,C28,C59,C60,D7
Chr5:57276905 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr5:57276990 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B73

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811166.1
368 aa
N
1
184
368
Zn_ribbon_RanBP
Zn_ribbon_RanBP
Zn_ribbon_RanBP
C
PF00641 Zn_ribbon_RanBP 22-44 aa PF00641 Zn_ribbon_RanBP 194-222 aa PF00641 Zn_ribbon_RanBP 237-268 aa
XP_057811167.1
283 aa
N
1
142
283
Zn_ribbon_RanBP
Zn_ribbon_RanBP
Zn_ribbon_RanBP
C
PF00641 Zn_ribbon_RanBP 22-44 aa PF00641 Zn_ribbon_RanBP 194-222 aa PF00641 Zn_ribbon_RanBP 237-268 aa
XP_057811168.1
282 aa
N
1
141
282
Zn_ribbon_RanBP
Zn_ribbon_RanBP
Zn_ribbon_RanBP
C
PF00641 Zn_ribbon_RanBP 22-44 aa PF00641 Zn_ribbon_RanBP 193-221 aa PF00641 Zn_ribbon_RanBP 236-267 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057811166.1 Pfam PF00641 Zn_ribbon_RanBP Domain 22 44 6.1e-13 48.5 Zn-finger in Ran binding protein and others
XP_057811166.1 Pfam PF00641 Zn_ribbon_RanBP Domain 194 222 6.1e-13 48.5 Zn-finger in Ran binding protein and others
XP_057811166.1 Pfam PF00641 Zn_ribbon_RanBP Domain 237 268 6.1e-13 48.5 Zn-finger in Ran binding protein and others
XP_057811167.1 Pfam PF00641 Zn_ribbon_RanBP Domain 22 44 1.1e-17 63.6 Zn-finger in Ran binding protein and others
XP_057811167.1 Pfam PF00641 Zn_ribbon_RanBP Domain 194 222 1.1e-17 63.6 Zn-finger in Ran binding protein and others
XP_057811167.1 Pfam PF00641 Zn_ribbon_RanBP Domain 237 268 1.1e-17 63.6 Zn-finger in Ran binding protein and others
XP_057811168.1 Pfam PF00641 Zn_ribbon_RanBP Domain 22 44 1.1e-17 63.7 Zn-finger in Ran binding protein and others
XP_057811168.1 Pfam PF00641 Zn_ribbon_RanBP Domain 193 221 1.1e-17 63.7 Zn-finger in Ran binding protein and others
XP_057811168.1 Pfam PF00641 Zn_ribbon_RanBP Domain 236 267 1.1e-17 63.7 Zn-finger in Ran binding protein and others

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955184.1
ACTCATCGACTGAATTTTCACTTTTCCAACAAGGAAATCTTTTCTTTATTAATTTCACCAACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCGTAATAGCCCTACTGTGAAATCTCTCGCCCGCGCAGCTCTCAAACCCTTGTCACGAAGAAAAAAGAAAAAAAAGATCATTGTGTTGCCATGTCTCAGGTTGATAACAGAAATTCTTCAGCTGCTAAACGTGCAAGAACCGATGGTGGCCGCAGGGAAGATGACTGGACCTGC...
XM_057955183.1
ATCGACTGAATTTTCACTTTTCCAACAAGGAAATCTTTTCTTTATTAATTTCACCAACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCGTAATAGCCCTACTGTGAAATCTCTCGCCCGCGCAGCTCTCAAACCCTTGTCACGAAGAAAAAAGAAAAAAAAGATCATTGTGTTGCCATGTCTCAGGTTGATAACAGAAATTCTTCAGCTGCTAAACGTGCAAGAACCGATGGTGGCCGCAGGGAAGATGACTGGACCTGCCCAA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131025424
ATGTCTCAGGTTGATAACAGAAATTCTTCAGCTGCTAAACGTGCAAGAACCGATGGTGGCCGCAGGGAAGATGACTGGACCTGCCCAAGCTGTGGCAATGTGAACTTCTCTTTTAGAACAACTTGTAATATGCGTAACTGTACTCAGCCTAGGCCAGCTGATCACAACTCGAAGCCTGCTGCAAAGCCAGTCCAAGCTCCTCAGGGTTATTTGTCTGCACCTCCATTTGTGGGGTCTGGTGCACCTTCCTCCATGTACAT...
LOC131025424
ATGTCTCAGGTTGATAACAGAAATTCTTCAGCTGCTAAACGTGCAAGAACCGATGGTGGCCGCAGGGAAGATGACTGGACCTGCCCAAGCTGTGGCAATGTGAACTTCTCTTTTAGAACAACTTGTAATATGCGTAACTGTACTCAGCCTAGGCCAGCTGATCACAACTCGAAGCCTGCTGCAAAGCCAGTCCAAGCTCCTCAGGGTTATTTGTCTGCACCTCCATTTGTGGGGTCTGGTGCACCTTCCTCCATGTACAT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057811166.1
MSQVDNRNSSAAKRARTDGGRREDDWTCPSCGNVNFSFRTTCNMRNCTQPRPADHNSKPAAKPVQAPQGYLSAPPFVGSGAPSSMYMGVPPYGSSVFNGTSVPPYDVPYSGGSAYHYNYGSRFSGGSPYRPLHISAPPPYSSGSIMRSGAVYGMPPMMDQYGLGFPMSPSMGPRPGFFPEDKFQKAGDGTRDSDWACPKCGNINFSFRTVCNMRKCNTPKPGSQGAKSGKNSKPDMPEGSWKCEKCNNINYPFRTKCNRQ...
XP_057811167.1
MSQVDNRNSSAAKRARTDGGRREDDWTCPSCGNVNFSFRTTCNMRNCTQPRPADHNSKPAAKPVQAPQGYLSAPPFVGSGAPSSMYMGVPPYGSSVFNGTSVPPYDVPYSGGSAYHYNYGSRFSGGSPYRPLHISAPPPYSSGSIMRSGAVYGMPPMMDQYGLGFPMSPSMGPRPGFFPEDKFQKAGDGTRDSDWACPKCGNINFSFRTVCNMRKCNTPKPGSQGAKSGKNSKPDMPEGSWKCEKCNNINYPFRTKCNRQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器