Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G004377

染色体: Chr05 坐标: 57279144-57283213 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G004377
名称SmilChr05G004377
描述squamosa promoter-binding-like protein 12
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向57279144 - 57283213 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025426
GeneID131025426
locus_tag-
NCBI NameLOC131025426
原始查询LOC131025426

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述squamosa promoter-binding-like protein 12
产物squamosa promoter-binding-like protein 12
ArabidopsisAT5G43270 (SPL2)
squamosa promoter binding protein-like 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834345]
identity=36.9; qcov=0.946; evalue=2.94e-62; confidence=medium
RiceOs06g0703500 (OsSPL12)
-
identity=40.9; qcov=0.926; evalue=1e-78; confidence=medium
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0005634 (nucleus)
KEGG-
PfamPF03110 (SBP)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025426

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057811169.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811169.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811169.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057811169.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057811169.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:57279561 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B137,B27,B36
Chr5:57279573 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B33,B42,B43,B46,D10
Chr5:57279583 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,C19
Chr5:57280206 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B135,B56,B78
Chr5:57280697 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 30 A21,B1,B101,B103,B108,B113,B130,B134,B16,B27,B28,B44,B5,B50,B53,B57,B71,B85,B9,C18,C2,C26,C30,C37,C38,C44,C67,C69,C80,C82
Chr5:57281125 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,B91
Chr5:57281560 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B112,B61,B91,C74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811169.1
459 aa
N
1
230
459
SBP
C
PF03110 SBP 186-259 aa
XP_057811170.1
459 aa
N
1
230
459
SBP
C
PF03110 SBP 186-259 aa
XP_057811171.1
459 aa
N
1
230
459
SBP
C
PF03110 SBP 186-259 aa
XP_057811172.1
459 aa
N
1
230
459
SBP
C
PF03110 SBP 186-259 aa
XP_057811174.1
459 aa
N
1
230
459
SBP
C
PF03110 SBP 186-259 aa
XP_057811175.1
459 aa
N
1
230
459
SBP
C
PF03110 SBP 186-259 aa
XP_057811176.1
459 aa
N
1
230
459
SBP
C
PF03110 SBP 186-259 aa
XP_057811177.1
459 aa
N
1
230
459
SBP
C
PF03110 SBP 186-259 aa
XP_057811178.1
459 aa
N
1
230
459
SBP
C
PF03110 SBP 186-259 aa
XP_057811179.1
459 aa
N
1
230
459
SBP
C
PF03110 SBP 186-259 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057811169.1 Pfam PF03110 SBP Domain 186 259 1.4e-30 106.1 SBP domain
XP_057811170.1 Pfam PF03110 SBP Domain 186 259 1.4e-30 106.1 SBP domain
XP_057811171.1 Pfam PF03110 SBP Domain 186 259 1.4e-30 106.1 SBP domain
XP_057811172.1 Pfam PF03110 SBP Domain 186 259 1.4e-30 106.1 SBP domain
XP_057811174.1 Pfam PF03110 SBP Domain 186 259 1.4e-30 106.1 SBP domain
XP_057811175.1 Pfam PF03110 SBP Domain 186 259 1.4e-30 106.1 SBP domain
XP_057811176.1 Pfam PF03110 SBP Domain 186 259 1.4e-30 106.1 SBP domain
XP_057811177.1 Pfam PF03110 SBP Domain 186 259 1.4e-30 106.1 SBP domain
XP_057811178.1 Pfam PF03110 SBP Domain 186 259 1.4e-30 106.1 SBP domain
XP_057811179.1 Pfam PF03110 SBP Domain 186 259 1.4e-30 106.1 SBP domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

10 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955188.1
GAAATCCCCCTAGTTTAGTTTATAGTGTTAAAGCAGCAGCTGTTGTCAGGGGAGACACAGCAGCATTACTATTTATCTGCTGGCTTATTCACACATACTAATTCCATGGATTTGGGGGCTCTCACTTTCTCCATATAGTAAAACTAACGCCTCCTTTTCTTTACTGGGTAACAAGGATCTAGGGTCCCGGTTTATGATGCAGCCTGTTAATTGAGTTGTTTGATGAGCCACTTTATGGAGATGGAGTGGAATGCAAAGTG...
XM_057955196.1
GAAATCCCCCTAGTTTAGTTTATAGTGTTAAAGCAGCAGCTGTTGTCAGGGGAGACACAGCAGCATTACTATTTATCTGCTGGCTTATTCACACATACTAATTCCATGGATTTGGGGGCTCTCACTTTCTCCATATAGTAAAACTAACGCCTCCTTTTCTTTACTGGGTAACAAGGATCTAGGGTCCCGGTTTATGATGCAGCCTGTTAATTGAGTTGTTTGATGAGCCACTTTATGGAGATGGAGTGGAATGCAAAGTG...

CDS

10 records

下载 CDS FASTA
LOC131025426
ATGAGCCACTTTATGGAGATGGAGTGGAATGCAAAGTGGGATTGGGAAAACTTGGCTGCGTTTGGTTCAAAGGCGATTGAGAGTCCGAAGAATCTGCAATTAGCGGATTGGTCAATTGTCGATGATGAGGAGATCCATGGTGGATCCTTCAATCTATCTGCTGCTTGTGGTGGCAACAGTGGCGCCTCGGGCTCTGATGGCAGGCATGGTTCTTCAGCCAAGAGTTCGATTTCAGCTTCTACCGACTCTTCCTGCAAGGA...
LOC131025426
ATGAGCCACTTTATGGAGATGGAGTGGAATGCAAAGTGGGATTGGGAAAACTTGGCTGCGTTTGGTTCAAAGGCGATTGAGAGTCCGAAGAATCTGCAATTAGCGGATTGGTCAATTGTCGATGATGAGGAGATCCATGGTGGATCCTTCAATCTATCTGCTGCTTGTGGTGGCAACAGTGGCGCCTCGGGCTCTGATGGCAGGCATGGTTCTTCAGCCAAGAGTTCGATTTCAGCTTCTACCGACTCTTCCTGCAAGGA...

Protein

10 records

下载 Protein FASTA
XP_057811169.1
MSHFMEMEWNAKWDWENLAAFGSKAIESPKNLQLADWSIVDDEEIHGGSFNLSAACGGNSGASGSDGRHGSSAKSSISASTDSSCKDRMQTSILTFTTSEGSSGNFSKKIEMKGIELSGTSSTPDASVGSAEALLGLKLGKRTYFENTGGGGTVKSTSFSAMPAPATTTTAPKKTKSSAPNAPIFCQVEGCNVDLSLAKEYHRKHRVCDSHSKCPKVVVGGRERRFCQQCSRFHSLLEFDEKKRSCRRRLSDHNARRRKP...
XP_057811170.1
MSHFMEMEWNAKWDWENLAAFGSKAIESPKNLQLADWSIVDDEEIHGGSFNLSAACGGNSGASGSDGRHGSSAKSSISASTDSSCKDRMQTSILTFTTSEGSSGNFSKKIEMKGIELSGTSSTPDASVGSAEALLGLKLGKRTYFENTGGGGTVKSTSFSAMPAPATTTTAPKKTKSSAPNAPIFCQVEGCNVDLSLAKEYHRKHRVCDSHSKCPKVVVGGRERRFCQQCSRFHSLLEFDEKKRSCRRRLSDHNARRRKP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器