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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G004381

染色体: Chr05 坐标: 57309807-57311013 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G004381
名称SmilChr05G004381
描述nuclear transport factor 2B
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向57309807 - 57311013 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025431
GeneID131025431
locus_tag-
NCBI NameLOC131025431
原始查询LOC131025431

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述nuclear transport factor 2B
产物nuclear transport factor 2B
ArabidopsisAT1G27970 (NTF2B)
nuclear transport factor 2B [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839690]
identity=87.8; qcov=0.984; evalue=9.85e-81; confidence=high
RiceOs08g0532300 (NTF2)
-
identity=67.5; qcov=0.984; evalue=4.06e-57; confidence=high
GOGO:0006913 (nucleocytoplasmic transport); GO:0044613 (nuclear pore central transport channel)
KEGG-
PfamPF02136 (NTF2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025431

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057811187.1
2 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057811187.1
3 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057811187.1
4 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057811187.1
5 Nuclear body 核内小体 0.40000 XP_057811187.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:57310189 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A2,B38,B39
Chr5:57310335 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr5:57310395 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B72,C83
Chr5:57310814 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811187.1
125 aa
N
1
62
125
NTF2
C
PF02136 NTF2 8-122 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057811187.1 Pfam PF02136 NTF2 Domain 8 122 1.6e-40 138.9 Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955204.1
AATCCGAAATCGGTTAATTGAAATTGAAGAGGAGTTGAAATTTTAATTATTATTTTGCATTCTTTGTATTAATCAATTATGATGTTCCACTTCCACTAGTAAAAGTTTTTCCTATTAAATGCGACATGATTCAAAATAGATCCGCAAAATTTAAATTTGAAAAGCAACCCTAGTTGGAAGCCAAAATTTGAAGCGTTGAAAAGACGCGAACACTTAGTGTGACAAATATACCCCCGAGCATATCTTAAATACCCCCTTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025431
ATGGCGATGGATCCAGAAGCGGTGTCGAAGGCCTTCGTGGAGCACTACTACTCCACATTCGACTCGAATCGGGCCGGGCTTGCGAATCTCTACCAGGATACGTCGATGCTCACTTTTGAGGGCCAGAAATTCCAAGGCACCCAAAACATCACTGCCAAGCTCACCAGCTTGCCGTTCCAGCAGTGCCAGCACCAGATCACCACCGTCGATTGCCAGCCCTCAGGCCCCGCCGGCGGAATGCTTGTTTTTGTTTCCGGCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811187.1
MAMDPEAVSKAFVEHYYSTFDSNRAGLANLYQDTSMLTFEGQKFQGTQNITAKLTSLPFQQCQHQITTVDCQPSGPAGGMLVFVSGNLQLAGEQHALKFSQMFHLMPTPQGSFYVFNDIFRLNYA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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