Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G004391

染色体: Chr05 坐标: 57354080-57363122 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G004391
名称SmilChr05G004391
描述probable ubiquitin-conjugating enzyme E2 25
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向57354080 - 57363122 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025438
GeneID131025438
locus_tag-
NCBI NameLOC131025438
原始查询LOC131025438

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable ubiquitin-conjugating enzyme E2 25
产物probable ubiquitin-conjugating enzyme E2 25
ArabidopsisAT1G53025 (AT1G53025)
Ubiquitin-conjugating enzyme family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:10723113]
identity=61.1; qcov=0.454; evalue=8.41e-130; confidence=medium
RiceOs05g0557600 (OsUBC41)
-
identity=65.2; qcov=0.445; evalue=1.42e-132; confidence=low
GOGO:0061631 (ubiquitin conjugating enzyme activity)
KEGGsmil04120 (Ubiquitin mediated proteolysis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00179 (UQ_con)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025438

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057811198.1
2 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057811199.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811198.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811198.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057811198.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:57360457 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr5:57360671 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 4 A1,B107,B81,C31
Chr5:57360671 T TG 1bp_insertion CDS_variant 4 A1,B107,B81,C31
Chr5:57361156 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B125,B90,B92,C21,D11
Chr5:57361400 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B101,B104,B80,B82
Chr5:57361459 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C28
Chr5:57362399 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B124,B15
Chr5:57362722 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B19,C10,C63
Chr5:57362881 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B16,B77,C60,D11,D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811198.1
673 aa
N
1
336
673
UQ_con
C
PF00179 UQ_con 409-528 aa
XP_057811199.1
671 aa
N
1
336
671
UQ_con
C
PF00179 UQ_con 407-526 aa
XP_057811200.1
636 aa
N
1
318
636
UQ_con
C
PF00179 UQ_con 372-492 aa
XP_057811201.1
636 aa
N
1
318
636
UQ_con
C
PF00179 UQ_con 372-492 aa
XP_057811202.1
634 aa
N
1
317
634
UQ_con
C
PF00179 UQ_con 370-490 aa
XP_057811203.1
634 aa
N
1
317
634
UQ_con
C
PF00179 UQ_con 370-490 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057811198.1 Pfam PF00179 UQ_con Domain 409 528 9e-23 81.2 Ubiquitin-conjugating enzyme
XP_057811199.1 Pfam PF00179 UQ_con Domain 407 526 9e-23 81.1 Ubiquitin-conjugating enzyme
XP_057811200.1 Pfam PF00179 UQ_con Domain 372 492 8.2e-23 81.3 Ubiquitin-conjugating enzyme
XP_057811201.1 Pfam PF00179 UQ_con Domain 372 492 8.2e-23 81.3 Ubiquitin-conjugating enzyme
XP_057811202.1 Pfam PF00179 UQ_con Domain 370 490 8.2e-23 81.3 Ubiquitin-conjugating enzyme
XP_057811203.1 Pfam PF00179 UQ_con Domain 370 490 8.2e-23 81.3 Ubiquitin-conjugating enzyme

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955215.1
TTTTTTTATTATAAATTTTTTTGTTTGATTTAGGACACTGAGGCGTAGCAGCAAGTTCCGAAACTAGTTAAAGTGGGCGTAAAAAACTCAGCTCTTTCTTTCTCTCTTTACTAAAAGACAAGTTTCACAGCATAACTCTTGTGTTTTCTTTGATGCAATTTCCTATCAAATTTTTCATTTTTAAATTCCCATATATATCTATCCATCTTTATCTTCAAGATCCATGTTGCAAACTGAATCCTTCAATAAAGGAAAAAAAA...
XM_057955216.1
TTTTTTTATTATAAATTTTTTTGTTTGATTTAGGACACTGAGGCGTAGCAGCAAGTTCCGAAACTAGTTAAAGTGGGCGTAAAAAACTCAGCTCTTTCTTTCTCTCTTTACTAAAAGACAAGTTTCACAGCATAACTCTTGTGTTTTCTTTGATGCAATTTCCTATCAAATTTTTCATTTTTAAATTCCCATATATATCTATCCATCTTTATCTTCAAGATCCATGTTGCAAACTGAATCCTTCAATAAAGGAAAAAAAA...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC131025438
ATGGCTAATATTTTTTGGCCAAGTAATGAAGGAGTTATGAATTTTTTAAGTTTGGAAACAAAATCCTTGAATTCTTACAGGTTTTGTTTTGTTTTCTTCGGGCTGATCTCAATGGAGTCGCCGACGCCAGTTTCTCGATACGTCTCCCAGAGTTCCAAGAAAAGAGTGTTTTCGTCGTCGGTGTTTAATGATGACGAGGTTTTGGAGATACCTCCGCCGTCGACGATCAATCGCGCTTCGAAACCCAATTCCTCCAAACA...
LOC131025438
ATGGCTAATATTTTTTGGCCAAGTAATGAAGGAGTTATGAATTTTTTAAGTTTGGAAACAAAATCCTTGAATTCTTACAGGTTTTGTTTTGTTTTCTTCGGGCTGATCTCAATGGAGTCGCCGACGCCAGTTTCTCGATACGTCTCCCAGAGTTCCAAAGTGTTTTCGTCGTCGGTGTTTAATGATGACGAGGTTTTGGAGATACCTCCGCCGTCGACGATCAATCGCGCTTCGAAACCCAATTCCTCCAAACAGAAAGA...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057811198.1
MANIFWPSNEGVMNFLSLETKSLNSYRFCFVFFGLISMESPTPVSRYVSQSSKKRVFSSSVFNDDEVLEIPPPSTINRASKPNSSKQKEVICHEIIDLDIEEDHADVFRIEGSSKGKKALSNSSASLCNFTSDGSGSDIQKSKHGAINDFNPNLFYGEDQWIATYYDDIVYDDFSVLDFDHMDIPPGVEAPFPWLSSSPENDTKARGLTTSSSKIGNQAASHNPKKKLSSRWSESGPSLTKTASSSRSRDVFTSKTSGGS...
XP_057811199.1
MANIFWPSNEGVMNFLSLETKSLNSYRFCFVFFGLISMESPTPVSRYVSQSSKVFSSSVFNDDEVLEIPPPSTINRASKPNSSKQKEVICHEIIDLDIEEDHADVFRIEGSSKGKKALSNSSASLCNFTSDGSGSDIQKSKHGAINDFNPNLFYGEDQWIATYYDDIVYDDFSVLDFDHMDIPPGVEAPFPWLSSSPENDTKARGLTTSSSKIGNQAASHNPKKKLSSRWSESGPSLTKTASSSRSRDVFTSKTSGGSLS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器