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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000735

染色体: Chr05 坐标: 5614984-5616422 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000735
名称SmilChr05G000735
描述cyanidin 3-O-galactoside 2''-O-xylosyltransferase FGGT1-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向5614984 - 5616422 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025455
GeneID131025455
locus_tag-
NCBI NameLOC131025455
原始查询LOC131025455

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cyanidin 3-O-galactoside 2''-O-xylosyltransferase FGGT1-like
产物cyanidin 3-O-galactoside 2''-O-xylosyltransferase FGGT1-like
ArabidopsisAT5G54010 (AT5G54010)
UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835484]
identity=45; qcov=0.998; evalue=1.88e-136; confidence=high
RiceOs11g0457300 (UGT)
-
identity=36.5; qcov=1.03; evalue=1.16e-79; confidence=medium
GOGO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF00201 (UDPGT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025455

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057811229.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057811229.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057811229.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811229.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811229.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:5614985 T TTA 2bp_insertion frameshift_variant 1 B84
Chr5:5614985 T TTA 2bp_insertion CDS_variant 1 B84
Chr5:5614992 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C30,C83
Chr5:5615234 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B101,B17,B71,C82
Chr5:5615239 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B66,C32
Chr5:5615293 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101
Chr5:5615529 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A8,B89,C76
Chr5:5615670 A AGC 2bp_insertion frameshift_variant 2 C72,D5
Chr5:5615670 A AGC 2bp_insertion CDS_variant 2 C72,D5
Chr5:5615696 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B23
Chr5:5615696 CT C 1bp_deletion CDS_variant 1 B23
Chr5:5615719 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811229.1
445 aa
N
1
222
445
UDPGT
C
PF00201 UDPGT 226-404 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057811229.1 Pfam PF00201 UDPGT Family 226 404 9.5e-11 41.9 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955246.1
TCATAACTTGAGGCTTTGAGGTATCTTAGTTAAATTCTTGCATGATTTAGAATCTTATTGAAGACTGATTTAGGAAATTTGTATTTGATCGATTACAGAAAATGGAAGATAAGAGATTGAAAATCATAATGTATCCATGGCTGGCGATGGGGCATCTCACCTCTTTCCTTCACATCTCCAACAAATTAGCAGAGAGAGGCCATAGGATCTGGTTCCTCCTCCCTCCCAAAACGCAGCCCAAGTTGGAACAATTCAACCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025455
ATGGAAGATAAGAGATTGAAAATCATAATGTATCCATGGCTGGCGATGGGGCATCTCACCTCTTTCCTTCACATCTCCAACAAATTAGCAGAGAGAGGCCATAGGATCTGGTTCCTCCTCCCTCCCAAAACGCAGCCCAAGTTGGAACAATTCAACCTTCATCCTCAGCTCATAACCTTCATTCCCCTCAGCATCCCTCATCTCCAAGGCCTCCCCGCCGGAGCTGAGACCACCGCCGACGTACCTTTCCATCTCCACAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811229.1
MEDKRLKIIMYPWLAMGHLTSFLHISNKLAERGHRIWFLLPPKTQPKLEQFNLHPQLITFIPLSIPHLQGLPAGAETTADVPFHLHKLLRRAMDLTQPAIEHLLHQLKPHFIFFDFTPWLPALARRFDVKSIHYCTISPAAVAYMIRDESSADAFMEPPPGFPSSAIKLRDHEARALLRVNKSTEFDGATTFVQRMLACLEECDALGFRSCREMEGRYCDFLEKKFEKPVMLAGFVVPEAPSSSLDEKWRKWLDQFDAKS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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