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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000994

染色体: Chr05 坐标: 8064266-8065723 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000994
名称SmilChr05G000994
描述uncharacterized SmilChr05G000994
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向8064266 - 8065723 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025475
GeneID131025475
locus_tag-
NCBI NameLOC131025475
原始查询LOC131025475

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis-
-
RiceOs06g0523701
-
identity=43.6; qcov=0.218; evalue=3.53e-17; confidence=weak
GOGO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025475

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057811253.1
2 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057811253.1
3 Telomere 端粒 0.20000 XP_057811253.1
4 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057811253.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811253.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:8064285 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:8064290 TCA T 2bp_deletion frameshift_variant 108 A1,A13,A14,A16,A19,A21,A23,A25,A5,A6,A7,A9,B1,B10,B103,B109,B110,B113,B115,B117,B12,B121,B127,B130,B132,B133,B135,B136,B137,B15,B19,B2,B20,B23,B25,B27,B29,B31,B32,B33,B35,B36,B4,B44,B46,B47,B49,B5,B50,B52,B53,B55,B57,B59,B6,B60,B63,B67,B69,B71,B74,B78,B79,B81,B82,B86,B87,B91,B93,C11,C13,C15,C18,C19,C28,C29,C30,C32,C36,C42,C45,C48,C5,C51,C54,C55,C56,C61,C65,C66,C68,C69,C72,C73,C74,C76,C78,C80,C81,C85,C87,C9,D1,D10,D2,D3,D5,D8
Chr5:8064305 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 56 A10,A11,A22,A24,A7,B100,B101,B107,B112,B114,B125,B126,B128,B19,B22,B24,B3,B30,B32,B46,B47,B52,B54,B60,B62,B63,B7,B73,B74,B83,B84,B9,B91,B96,B99,C1,C19,C22,C23,C24,C3,C32,C37,C40,C43,C50,C51,C56,C58,C65,C71,C78,C80,D2,D4,D9
Chr5:8064352 GCA G 2bp_deletion frameshift_variant 3 B103,B137,B91
Chr5:8064352 GCA G 2bp_deletion CDS_variant 3 B103,B137,B91
Chr5:8064353 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 10 B128,B34,B49,B61,B81,B86,C10,C11,C13,C69
Chr5:8064359 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 22 A18,A4,A6,B104,B105,B107,B119,B134,B137,B29,B49,B60,B64,B66,C20,C38,C39,C5,C52,C6,C79,C87
Chr5:8064636 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B77,B95
Chr5:8064746 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B128,B72,B81,C10,C13
Chr5:8064827 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B137,B29,C28,C52,C67
Chr5:8064834 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B30
Chr5:8064838 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B48,C27

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955270.1
ATGGGAAGCTCCGACATGGGACTATCACTGCTGCCATGGCGAAGTGGGGGTGTTGTCGGAGCTCCGTCGCGCGTTTATGGCAGGCTGCAAAAAAGGAGCAAGCACAAGATTGTGTATGATAGGATATGCAATGTCCTAAAGTTCAAGAATATGCACAATGTAGTGCATATTGATGAGAAGTGGTTCTACATCACCAAAGCAAACCACAAATTTTACTTAACTCCAGAGGAAACTGATCCACATCGCGCATGCAAGAGTAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025475
ATGGGAAGCTCCGACATGGGACTATCACTGCTGCCATGGCGAAGTGGGGGTGTTGTCGGAGCTCCGTCGCGCGTTTATGGCAGGCTGCAAAAAAGGAGCAAGCACAAGATTGTGTATGATAGGATATGCAATGTCCTAAAGTTCAAGAATATGCACAATGTAGTGCATATTGATGAGAAGTGGTTCTACATCACCAAAGCAAACCACAAATTTTACTTAACTCCAGAGGAAACTGATCCACATCGCGCATGCAAGAGTAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811253.1
MGSSDMGLSLLPWRSGGVVGAPSRVYGRLQKRSKHKIVYDRICNVLKFKNMHNVVHIDEKWFYITKANHKFYLTPEETDPHRACKSKKFIKKVMFSCAVVMPLFNEDGSVLFDGKIGIFPFTEMVPAKRTSKNRLAGTMEEKPIQSITKGVMKDCYISKLIPAIMAKWPQFASKTIYIQQDNAMPHIKDNDPDWRAATTTNGFDIHIVQQPPNSPDTNINDLGWFRAIQSLQVQSVATNEHELVKAVENSFEELSPHTLN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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