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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001061`

染色体: Chr05 坐标: 8770560-8774801 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001061`
名称	SmilChr05G001061
描述	uncharacterized SmilChr05G001061
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	8770560 - 8774801 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025483`
GeneID	`131025483`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025483`
原始查询	`LOC131025483`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=weak
产物	hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis	`AT3G01410` (AT3G01410) Polynucleotidyl transferase, ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821319] identity=44.3; qcov=0.075; evalue=7.01e-13; confidence=weak
Rice	`Os08g0202300` - identity=31.6; qcov=0.286; evalue=2.72e-58; confidence=weak
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity); GO:0015074 (DNA integration)
KEGG	-
Pfam	PF00078 (RVT_1); PF13456 (RVT_3); PF17917 (RT_RNaseH); PF17919 (RT_RNaseH_2); PF17921 (Integrase_H2C2); PF31073 (DUF8803)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025483

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057811261.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057811261.1`
3	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057811261.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811261.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057811261.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:8770580`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A19
`Chr5:8770625`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A19
`Chr5:8770629`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	A19
`Chr5:8770629`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	A19
`Chr5:8770697`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B10,B103,B79,C16
`Chr5:8770712`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B74
`Chr5:8770712`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B74
`Chr5:8770751`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr5:8770753`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A3,B104,B139,C49,C78
`Chr5:8770768`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B10,B50,B52,B79,C16
`Chr5:8770779`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B35
`Chr5:8770797`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811261.1

1292 aa

646

1292

RVT_1

RT_RNaseH_2

RT_RNaseH

RVT_3

Integrase_H2C2

DUF8803

PF00078 RVT_1 408-567 aa PF17919 RT_RNaseH_2 631-729 aa PF17917 RT_RNaseH 660-757 aa PF13456 RVT_3 809-927 aa PF17921 Integrase_H2C2 1003-1054 aa PF31073 DUF8803 1227-1290 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811261.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	408	567	2.3e-33	116.5	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
`XP_057811261.1`	Pfam	`PF17919`	RT_RNaseH_2	Domain	631	729	4.6e-23	81.9	RNase H-like domain found in reverse transcriptase
`XP_057811261.1`	Pfam	`PF17917`	RT_RNaseH	Domain	660	757	7.4e-18	65.3	RNase H-like domain found in reverse transcriptase
`XP_057811261.1`	Pfam	`PF13456`	RVT_3	Domain	809	927	1e-18	68.1	Reverse transcriptase-like
`XP_057811261.1`	Pfam	`PF17921`	Integrase_H2C2	Domain	1003	1054	4.9e-10	40.1	Integrase zinc binding domain
`XP_057811261.1`	Pfam	`PF31073`	DUF8803	Domain	1227	1290	4.5e-27	94.4	Domain of unknown function (DUF8803)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955278.1
ATGAGGGCACCAGCCGACCAGAGAGATAGATCTAAGTGGTGCGAATTTCATGCCGACCATGGACACCGAACGGAGGATTGCATTGCATTACGATTGGAAGTGGCGCATTTACTCAAAGAAGGTCACCTAACTGAGTTCCTAACAGACAAGGGTCAACACACCCTCAAGCATGGAAATGATAGACGAGACGAGCGCAGAGAAGTCACCCCACCCAACCCGCCAAACCATGAGAGAACAGTCAATGTCATTTCTGGCGGATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025483
ATGAGGGCACCAGCCGACCAGAGAGATAGATCTAAGTGGTGCGAATTTCATGCCGACCATGGACACCGAACGGAGGATTGCATTGCATTACGATTGGAAGTGGCGCATTTACTCAAAGAAGGTCACCTAACTGAGTTCCTAACAGACAAGGGTCAACACACCCTCAAGCATGGAAATGATAGACGAGACGAGCGCAGAGAAGTCACCCCACCCAACCCGCCAAACCATGAGAGAACAGTCAATGTCATTTCTGGCGGATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811261.1
MRAPADQRDRSKWCEFHADHGHRTEDCIALRLEVAHLLKEGHLTEFLTDKGQHTLKHGNDRRDERREVTPPNPPNHERTVNVISGGSEVSGITHSAAKRHTRQARSSRTRESVTGQAMTDQPTQTISFQTTESDKLLNPHHDALVISIYIANCLTKRVLIDNGSSANIMFINAFREMGLNESNITRKTAVLIGFSGESKTIVGEIDLSIYAEWVNLSTRFLVIDAPSAFNVILGRPWIHDMEAVPSTFHQVEEGSSYTKT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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