Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001187`

染色体: Chr05 坐标: 9964689-9965042 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001187`
名称	SmilChr05G001187
描述	cysteine proteinase inhibitor 1-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	9964689 - 9965042 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025501`
GeneID	`131025501`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025501`
原始查询	`LOC131025501`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	cysteine proteinase inhibitor 1-like
产物	cysteine proteinase inhibitor 1-like
Arabidopsis	`AT5G47550` (AT5G47550) Cystatin/monellin superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834805] identity=42.5; qcov=0.803; evalue=1.58e-18; confidence=low
Rice	`Os03g0210200` - identity=36; qcov=0.735; evalue=3.24e-10; confidence=low
GO	GO:0004869 (cysteine-type endopeptidase inhibitor activity)
KEGG	-
Pfam	PF00031 (Cystatin); PF16845 (SQAPI)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025501

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	1.00000	`XP_057811279.1`
2	Vacuole	液泡	0.40000	`XP_057811279.1`
3	Cell wall	细胞壁	0.20000	`XP_057811279.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057811279.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811279.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:9964726`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C35
`Chr5:9964726`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C35
`Chr5:9964787`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B129,C19,C21,C31,C41
`Chr5:9964789`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A18
`Chr5:9964812`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B129,C19,C21,C31,C41
`Chr5:9964952`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811279.1

117 aa

117

Cystatin

SQAPI

PF00031 Cystatin 28-90 aa PF16845 SQAPI 33-113 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811279.1`	Pfam	`PF00031`	Cystatin	Domain	28	90	5.1e-13	49.8	Cystatin domain
`XP_057811279.1`	Pfam	`PF16845`	SQAPI	Domain	33	113	7.8e-22	78.2	Aspartic acid proteinase inhibitor

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955296.1
ATGGCACCCAAATCTGCTCACATTTTGTTCGCAATTCTCTCAGTTGTGGCGGTGGCCGCCGCTTCCGAAGGCACCAAAGCGGGCGGTTGGAAGGCAATCTCGAATCCGAACACTCCGGAGGTGGTTGCGGTGGCGAAATTCGCGGTGGCGGAACACAACAAAGAGAAGAAGACACCGTTGGTTTTCGTGTCTGTGGTGAAGGCAGAGTTCCAGGTGGTTGCCGGTGTCAATTATAGGCTCCTCATCTCCGCCAAGCACGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025501
ATGGCACCCAAATCTGCTCACATTTTGTTCGCAATTCTCTCAGTTGTGGCGGTGGCCGCCGCTTCCGAAGGCACCAAAGCGGGCGGTTGGAAGGCAATCTCGAATCCGAACACTCCGGAGGTGGTTGCGGTGGCGAAATTCGCGGTGGCGGAACACAACAAAGAGAAGAAGACACCGTTGGTTTTCGTGTCTGTGGTGAAGGCAGAGTTCCAGGTGGTTGCCGGTGTCAATTATAGGCTCCTCATCTCCGCCAAGCACGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811279.1
MAPKSAHILFAILSVVAVAAASEGTKAGGWKAISNPNTPEVVAVAKFAVAEHNKEKKTPLVFVSVVKAEFQVVAGVNYRLLISAKHGTAVTPETYVAVVNSSPSRSLSLVSFHGIVH

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器