Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001242

染色体: Chr05 坐标: 10525287-10525772 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001242
名称SmilChr05G001242
描述uncharacterized protein At4g04775-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向10525287 - 10525772 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025506
GeneID131025506
locus_tag-
NCBI NameLOC131025506
原始查询LOC131025506

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GOGO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025506

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.80000 XP_057811284.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.80000 XP_057811284.1
3 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057811284.1
4 Nucleus membrane 核膜 0.60000 XP_057811284.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811284.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:10525315 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B28
Chr5:10525318 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B103,C18,C23
Chr5:10525330 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A9,C85
Chr5:10525346 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B21,B90
Chr5:10525359 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 147 A1,A10,A11,A16,A18,A20,A21,A22,A25,A3,A4,A5,A6,A7,A9,B100,B102,B104,B107,B109,B11,B110,B111,B112,B114,B115,B117,B119,B12,B120,B122,B123,B125,B127,B128,B13,B130,B132,B134,B138,B139,B14,B15,B17,B20,B25,B27,B3,B30,B32,B33,B36,B4,B40,B42,B43,B44,B45,B46,B47,B48,B49,B50,B51,B52,B53,B54,B55,B56,B57,B60,B61,B62,B64,B65,B67,B7,B70,B72,B73,B74,B75,B77,B8,B80,B82,B84,B85,B86,B89,B9,B90,B91,B94,B97,B98,C12,C14,C15,C18,C19,C2,C21,C23,C25,C26,C28,C3,C31,C32,C34,C35,C36,C37,C39,C44,C45,C46,C47,C48,C49,C51,C52,C55,C56,C57,C59,C6,C60,C61,C64,C65,C66,C68,C7,C70,C72,C73,C74,C78,C83,C9,D1,D2,D3,D6,D8
Chr5:10525390 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B106,B109,B39,C20
Chr5:10525399 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 9 B114,B127,B135,B45,B50,B93,C35,C76,D3
Chr5:10525415 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B135,B25,B32,B4,C69
Chr5:10525432 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C31
Chr5:10525436 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr5:10525439 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A8,B35,C8
Chr5:10525442 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 25 A14,A9,B1,B108,B123,B124,B133,B137,B2,B25,B3,B59,B71,B76,B81,C1,C17,C34,C53,C59,C61,C63,C64,C66,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955301.1
ATGGAGAATTCATCGGCCTCCTCGCAATCGTCCCCCAAGGTGCGTCGTAAACCCGGAAACACCAATAACCCCCAAGGTGAGTTGAGGTGCGACCACGATCTTCCAGTGGAGCATTTCACATCCAAGACCGAGTTGAACCCTTTTCGGAGGTTCTACTGCTGCCGAATTCGTGATATTGAAGATTGTGGTGTTTGGCACTGGATAGATCCGGAGCTCACTTCGCACTACAAGGGCTGTTTCCACAATTTGCAGGTTCAAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025506
ATGGAGAATTCATCGGCCTCCTCGCAATCGTCCCCCAAGGTGCGTCGTAAACCCGGAAACACCAATAACCCCCAAGGTGAGTTGAGGTGCGACCACGATCTTCCAGTGGAGCATTTCACATCCAAGACCGAGTTGAACCCTTTTCGGAGGTTCTACTGCTGCCGAATTCGTGATATTGAAGATTGTGGTGTTTGGCACTGGATAGATCCGGAGCTCACTTCGCACTACAAGGGCTGTTTCCACAATTTGCAGGTTCAAAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811284.1
MENSSASSQSSPKVRRKPGNTNNPQGELRCDHDLPVEHFTSKTELNPFRRFYCCRIRDIEDCGVWHWIDPELTSHYKGCFHNLQVQRNRARQLLDINGMRAQVESLTLEASALKEELALQIEAFRELKKQNAAMEVMMAKLHRKNRIFLLFLLLLGVWTYL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器