Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及有 accession 序列支持的文献基因名查询；未闭环名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001341`

染色体: Chr05 坐标: 11822859-11823416 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001341`
名称	SmilChr05G001341
描述	transcription factor TCP2-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	11822859 - 11823416 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025516`
GeneID	`131025516`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025516`
原始查询	`LOC131025516`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	transcription factor TCP2-like
产物	transcription factor TCP2-like
Arabidopsis	`AT4G18390` (TCP2) TEOSINTE BRANCHED 1, cycloidea and PCF transcription factor 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827568] identity=35.44; qcov=0.809; evalue=6.71e-13; confidence=low
Rice	`Os07g0152000` (OsTCP21) - identity=36.42; qcov=0.77; evalue=6.27e-13; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF03634 (TCP)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025516

打开注释模块

非零投票定位候选（最多五项）

Rank	定位位置	中文	五折投票比例	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057811292.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057811292.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:11822868`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B111,B131
`Chr5:11822873`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A13,C44,C73,D6
`Chr5:11822882`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B60,B87,C22,C9,D9
`Chr5:11822892`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B61,B8,C25,C3,C8
`Chr5:11822912`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C35
`Chr5:11822916`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr5:11822917`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A13,C44,C73,D6
`Chr5:11822937`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B136,B88
`Chr5:11822952`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	63	A11,A13,A15,A18,A23,A24,A3,A4,A6,B105,B115,B119,B12,B121,B126,B130,B131,B132,B133,B134,B135,B15,B16,B17,B18,B21,B22,B24,B28,B33,B37,B41,B5,B53,B65,B69,B83,B89,B93,C16,C2,C26,C34,C36,C44,C46,C48,C59,C70,C71,C73,C74,C76,C8,C83,C84,C86,C87,D10,D3,D4,D6,D7
`Chr5:11822969`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B82,C60,C8
`Chr5:11823109`	`A`	`AG`	1bp_insertion	frameshift_variant	19	B10,B108,B111,B112,B117,B120,B129,B131,B136,B140,B27,B71,B84,B88,C11,C18,C24,C28,C41
`Chr5:11823111`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B21,B79

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811292.1

152 aa

152

TCP

PF03634 TCP 46-152 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811292.1`	Pfam	`PF03634`	TCP	Family	46	152	3.1e-10	41.5	TCP family transcription factor

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955309.1
ATGAAAAGACCCAACGCCACTGGCGGTGGTGTGCACAACGACGATGTTGATCTCGGCGGCGGCGTTGGCAGGTTCTACGGCTGGCCTTCCTCGCGAATTGTTAGGGTTTCGCGAGCATTCGGCGGGAAGGATAGGCACAACAAGTCGAGCAAGGCGGTGGAGTGGCTACTCAAGGCAACAACGAGCTCGATTGAGGAGCTATCGCCGATGAACACCTTGTTCCCCGACACACCCAAGCAGCTGAGCGATGAGAAGAGGTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

lcl|NC_080391.1_cds_XP_057811292.1_26818
ATGAAAAGACCCAACGCCACTGGCGGTGGTGTGCACAACGACGATGTTGATCTCGGCGGCGGCGTTGGCAGGTTCTACGGCTGGCCTTCCTCGCGAATTGTTAGGGTTTCGCGAGCATTCGGCGGGAAGGATAGGCACAACAAGTCGAGCAAGGCGGTGGAGTGGCTACTCAAGGCAACAACGAGCTCGATTGAGGAGCTATCGCCGATGAACACCTTGTTCCCCGACACACCCAAGCAGCTGAGCGATGAGAAGAGGTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811292.1
MKRPNATGGGVHNDDVDLGGGVGRFYGWPSSRIVRVSRAFGGKDRHNKSSKAVEWLLKATTSSIEELSPMNTLFPDTPKQLSDEKRSSTAGSDQLCFDSAEIDLDGSGDPNYSQQQQVTKSSACSSTSETNKGSGLSLSRSKSRIKARKRAK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器