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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001346

染色体: Chr05 坐标: 11892070-11894238 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001346
名称SmilChr05G001346
描述uncharacterized SmilChr05G001346
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向11892070 - 11894238 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025517
GeneID131025517
locus_tag-
NCBI NameLOC131025517
原始查询LOC131025517

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=weak
ArabidopsisAT2G06105 (AT2G06105)
aspartyl protease gag-polyprotein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28717693]
identity=37.5; qcov=0.113; evalue=7.14e-08; confidence=weak
RiceOs12g0292200
-
identity=44.3; qcov=0.138; evalue=1.04e-16; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025517

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057811294.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057811294.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057811294.1
4 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.40000 XP_057811294.1
5 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.20000 XP_057811294.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:11892173 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B123,C40,C49
Chr5:11892184 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B109,B120,B42
Chr5:11892186 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B123,B89,C40,C49
Chr5:11892199 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B109,B120,B42
Chr5:11892214 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B29,B3,B59,C38
Chr5:11892220 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C50
Chr5:11892262 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,C50,D2
Chr5:11892286 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C50,D2
Chr5:11892292 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B130,B93
Chr5:11892310 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A10,D3
Chr5:11892322 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B1
Chr5:11892322 CA C 1bp_deletion CDS_variant 1 B1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955311.1
ATGAACACAAGATCTAAAAATTTACCTTTAGTAGATTTTGATCCGGAAATTGAAGCTACGTGCCGCCATAACAACAGCCAGACGACCAAAGCCAAGTTGGATCACATGGCTACTGCGGAAGAAGTCCGTGCTTTGAGAGAGCAGTTGCAGGCGTTGATGGATGCTCAGAAAACTGTTGCTGAGCAGAAACAACCGCCTATTGATGAGGTATTTACTCCACTGTACCAGTACCAAGAGCCGCCCAGAGTCAACGCAAATAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025517
ATGAACACAAGATCTAAAAATTTACCTTTAGTAGATTTTGATCCGGAAATTGAAGCTACGTGCCGCCATAACAACAGCCAGACGACCAAAGCCAAGTTGGATCACATGGCTACTGCGGAAGAAGTCCGTGCTTTGAGAGAGCAGTTGCAGGCGTTGATGGATGCTCAGAAAACTGTTGCTGAGCAGAAACAACCGCCTATTGATGAGGTATTTACTCCACTGTACCAGTACCAAGAGCCGCCCAGAGTCAACGCAAATAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811294.1
MNTRSKNLPLVDFDPEIEATCRHNNSQTTKAKLDHMATAEEVRALREQLQALMDAQKTVAEQKQPPIDEVFTPLYQYQEPPRVNANNFELRTGLITMVQQNQYGGSAVEDPNVHLRQFLELCSTIKMNGVADDIIRLRLFPFSLRDKAKSWYHTLQLSANPAWEDVAHLFLRKFHPPSLTLKLKMDIVQDFSRHVLQCLRRAHEDVYGHSSWRLPTQEGKFGSNGDHRKYGSYQLSMAVREGAAEESCCSIQLRSPDDDL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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