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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001352

染色体: Chr05 坐标: 12024797-12025939 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001352
名称SmilChr05G001352
描述uncharacterized SmilChr05G001352
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向12024797 - 12025939 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025520
GeneID131025520
locus_tag-
NCBI NameLOC131025520
原始查询LOC131025520

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GOGO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025520

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057811296.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057811296.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811296.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811296.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057811296.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:12024799 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 3 B53,B59,C20
Chr5:12024799 A AT 1bp_insertion CDS_variant 3 B53,B59,C20
Chr5:12024820 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 14 A18,A22,B105,B113,B118,B139,B16,B69,B73,C25,C30,C43,C60,D11
Chr5:12024871 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 14 B10,B104,B134,B53,B59,B7,B99,C20,C24,C38,C77,C78,C79,C85
Chr5:12024913 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B120
Chr5:12024929 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 13 A22,B105,B113,B118,B139,B16,B69,B73,C25,C30,C43,C60,D11
Chr5:12024988 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C18,C28,C29
Chr5:12025018 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B105,B16,B69,C30,D11
Chr5:12025068 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B14
Chr5:12025293 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:12025312 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 7 A23,B10,B29,B67,B93,C13,C51
Chr5:12025501 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B137

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955313.1
ATGAGAAAGCCCGATCTAACACGATTGTGCAGTTCCTTCTTCACAACTCCAACAACGGGAAGCCAAAACGAGGAAAGATCCAAGAAGCTATCATCAAGTTTGGGTGCTCTCGACGGACCGGGAGTCGGCTATGGGCTACAGCAAGGAAACAACATGACAATGCTGTTACGTTTGAGATTCTCTCTCGAAGTCATCGAATATGATAGAATCCTCAAGATTCTTCAATTCAAAAGCATGTACAACACAGTGCATATCGATGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025520
ATGAGAAAGCCCGATCTAACACGATTGTGCAGTTCCTTCTTCACAACTCCAACAACGGGAAGCCAAAACGAGGAAAGATCCAAGAAGCTATCATCAAGTTTGGGTGCTCTCGACGGACCGGGAGTCGGCTATGGGCTACAGCAAGGAAACAACATGACAATGCTGTTACGTTTGAGATTCTCTCTCGAAGTCATCGAATATGATAGAATCCTCAAGATTCTTCAATTCAAAAGCATGTACAACACAGTGCATATCGATGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811296.1
MRKPDLTRLCSSFFTTPTTGSQNEERSKKLSSSLGALDGPGVGYGLQQGNNMTMLLRLRFSLEVIEYDRILKILQFKSMYNTVHIDEKWFYITKTSQRPMFAPDGSVLFDGKIGIFPFTEMVPAQMKNKNREVGTLEQKPIQSITKEVIKDFILKKIIPAIKQKWLAFASKVIFIQQDNARPHIKDSYPQFREAASADGFDIRIVNQPPNSPDTNINDLRWFTTIKILQNEIVCNNVDSLVKAVEKSFEELSPTTLNNVF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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