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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002451`

染色体: Chr01 坐标: 42096023-42104934 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002451`
名称	SmilChr01G002451
描述	26S rRNA (cytosine-C(5))-methyltransferase NOP2B-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	42096023 - 42104934 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025531`
GeneID	`131025531`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025531`
原始查询	`LOC131025531`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	26S rRNA (cytosine-C(5))-methyltransferase NOP2B-like
产物	26S rRNA (cytosine-C(5))-methyltransferase NOP2B-like
Arabidopsis	`AT4G26600` (AT4G26600) S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828767] identity=42.9; qcov=0.721; evalue=1.24e-63; confidence=medium
Rice	`Os02g0724600` - identity=43.9; qcov=0.734; evalue=2.06e-64; confidence=medium
GO	GO:0000470 (maturation of LSU-rRNA); GO:0003723 (RNA binding); GO:0005730 (nucleolus); GO:0009383 (rRNA (cytosine-C5-)-methyltransferase activity); GO:0070475 (rRNA base methylation)
KEGG	-
Pfam	PF01189 (Methyltr_RsmB-F)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025531

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057811307.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811307.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057811307.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057811307.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057811307.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:42102746`	`T`	`TTA`	2bp_insertion	frameshift_variant	4	B101,B104,C11,C30
`Chr1:42102746`	`T`	`TTA`	2bp_insertion	CDS_variant	4	B101,B104,C11,C30
`Chr1:42103730`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B124,B16,B6,B8,C67
`Chr1:42104237`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,C72

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811307.1

472 aa

236

472

Methyltr_RsmB-F

PF01189 Methyltr_RsmB-F 252-459 aa

XP_057811309.1

391 aa

196

391

Methyltr_RsmB-F

PF01189 Methyltr_RsmB-F 252-371 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811307.1`	Pfam	`PF01189`	Methyltr_RsmB-F	Domain	252	459	1.5e-44	152.7	16S rRNA methyltransferase RsmB/F
`XP_057811309.1`	Pfam	`PF01189`	Methyltr_RsmB-F	Domain	252	371	4.3e-23	82.7	16S rRNA methyltransferase RsmB/F

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955324.1
TTTAGGCAATAGTTATTTGCATGTAAAAGGGTAAAATCGTCATTTCAAGTTTGTTGTGCCTTATGGGAGGATAGTTACTGACGGCGGGGGTAGTTAGATAGGTAGGGTTTTATCTTTTAATTTGAGAGCAAATCCATAATAGTATTGAGGATAGTGTGTACCGAGCCCCAAATTGAAAGTTTCTTCACTCTTCTCTCTCTATCGCAGCCCTTTCCCAACCCTTCTCCCGCTTTCCTCCATTTATGCAGTCTGCATCTCCT...

XM_057955326.1
TTTAGGCAATAGTTATTTGCATGTAAAAGGGTAAAATCGTCATTTCAAGTTTGTTGTGCCTTATGGGAGGATAGTTACTGACGGCGGGGGTAGTTAGATAGGTAGGGTTTTATCTTTTAATTTGAGAGCAAATCCATAATAGTATTGAGGATAGTGTGTACCGAGCCCCAAATTGAAAGTTTCTTCACTCTTCTCTCTCTATCGCAGCCCTTTCCCAACCCTTCTCCCGCTTTCCTCCATTTATGCAGTCTGCATCTCCT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131025531
ATGAGATACTTCAATCTCATTCGTTCTTCATCTGTCAGAAAGAGAAAGCTAAAGCGTAGGAACAATGGCGCGCCAGACAAATGCTCAAGGATGCAAAAAAATCTTCGATGTGTAAATACGGCAGATTTTGCAGGAGCACAGTCACGTTTATCTGGCCCCTTGGATTATATTTCTGAAGACGAGGATCGTGAAGAGATCTATTCTACTAGTCAGCGGGTGTTGATGATGAGAGCCACAATTGATATAAGGGATTGTATACA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057811307.1
MRYFNLIRSSSVRKRKLKRRNNGAPDKCSRMQKNLRCVNTADFAGAQSRLSGPLDYISEDEDREEIYSTSQRVLMMRATIDIRDCIQIASSFKLPTKEEFEEEKSKRMPRSKLWERINDIFRVLSVFELSKEEKPTYKDYVNQLVMDLSTYSRYNKFMIEAVMEMLGIMETKDYFLSREKQLNMCLRTNTLKTWREDLQCALSRKYIKCEPIYEWSDVGLAVCFSEALLSTTTEYIDGLFTIQRASSFLPLMALDPQKNE...

XP_057811309.1
MRYFNLIRSSSVRKRKLKRRNNGAPDKCSRMQKNLRCVNTADFAGAQSRLSGPLDYISEDEDREEIYSTSQRVLMMRATIDIRDCIQIASSFKLPTKEEFEEEKSKRMPRSKLWERINDIFRVLSVFELSKEEKPTYKDYVNQLVMDLSTYSRYNKFMIEAVMEMLGIMETKDYFLSREKQLNMCLRTNTLKTWREDLQCALSRKYIKCEPIYEWSDVGLAVCFSEALLSTTTEYIDGLFTIQRASSFLPLMALDPQKNE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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