Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001496`

染色体: Chr05 坐标: 13732995-13734050 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001496`
名称	SmilChr05G001496
描述	uncharacterized protein At2g29880-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	13732995 - 13734050 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025540`
GeneID	`131025540`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025540`
原始查询	`LOC131025540`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Myb/SANT-like DNA-binding domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817538]; symbol=AT2G29880; hit=AT2G29880; species=arabidopsis; confidence=medium
产物	Myb/SANT-like DNA-binding domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817538]; symbol=AT2G29880; hit=AT2G29880; species=arabidopsis; confidence=medium
Arabidopsis	`AT2G29880` (AT2G29880) Myb/SANT-like DNA-binding domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817538] identity=36.3; qcov=1.04; evalue=9.6e-53; confidence=medium
Rice	`Os07g0210800` - identity=30.2; qcov=0.393; evalue=1.26e-06; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF12776 (Myb_DNA-bind_3); PF24769 (At2g29880_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025540

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057811315.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811315.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057811315.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057811315.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057811315.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:13733013`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B104
`Chr5:13733013`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr5:13733031`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr5:13733048`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	C60
`Chr5:13733048`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C60
`Chr5:13733055`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C60
`Chr5:13733077`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A21,B117,B46
`Chr5:13733082`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B13,B99,D10
`Chr5:13733108`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	22	A5,A8,B125,B132,B14,B30,B40,B59,B70,B72,B75,B78,B79,B80,C20,C25,C34,C38,C70,C86,D1,D8
`Chr5:13733219`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B131,B58
`Chr5:13733234`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C22
`Chr5:13733236`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A20

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811315.1

303 aa

152

303

Myb_DNA-bind_3

At2g29880_C

PF12776 Myb_DNA-bind_3 18-114 aa PF24769 At2g29880_C 255-299 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811315.1`	Pfam	`PF12776`	Myb_DNA-bind_3	Domain	18	114	3.6e-16	60.6	Myb/SANT-like DNA-binding domain
`XP_057811315.1`	Pfam	`PF24769`	At2g29880_C	Domain	255	299	1.1e-19	71.3	At2g29880 C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955332.1
ATGGGAGACTCTCAACCACAAGATTCCAAAAAAAGGGCAGTGTATGAAGCATGGACAAAGGAACAAAGTGATGCCTTGTTACGAATTCTGGTTGAATCTGCAATTAGGGGATGGCGCGATAATAGTGCTATATTTAGCAAAGCAACAGTTGAGGGAAGGATATTGCCTGTTCTGAATGAAAAACTTAGGTGCAATAAAAATTATAATCACTACCAAAGTCGTATCAAATGGTTTAAGAGCCGTTGGAATGCGTATTCAAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025540
ATGGGAGACTCTCAACCACAAGATTCCAAAAAAAGGGCAGTGTATGAAGCATGGACAAAGGAACAAAGTGATGCCTTGTTACGAATTCTGGTTGAATCTGCAATTAGGGGATGGCGCGATAATAGTGCTATATTTAGCAAAGCAACAGTTGAGGGAAGGATATTGCCTGTTCTGAATGAAAAACTTAGGTGCAATAAAAATTATAATCACTACCAAAGTCGTATCAAATGGTTTAAGAGCCGTTGGAATGCGTATTCAAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811315.1
MGDSQPQDSKKRAVYEAWTKEQSDALLRILVESAIRGWRDNSAIFSKATVEGRILPVLNEKLRCNKNYNHYQSRIKWFKSRWNAYSTLLKFNSGFGYDNDTKKFTAPDEVWDPYIEAHPKDAYLRAGSFSDFDDLRLAVGNGDDESRGPLIEELNYDAANEAFVVLGEDDPPLSGSKSPLESTEVPVESTQRRAPTKRSRGQFETNSGHTENSSHQELMVEIKKVTSTMDRVESLFVKRDTMLERREKEKGYTTWDAIKE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器