当前解析结果
SmilChr01G000675| 统一新 Gene ID | SmilChr01G000675 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G000675 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr01G000675 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 14951533 - 14952486 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131025553 |
|---|---|
| GeneID | 131025553 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131025553 |
| 原始查询 | LOC131025553 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os12g0142900; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os12g0142900; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os12g0142900- identity=29.3; qcov=0.883; evalue=3.44e-26; confidence=low |
| GO | GO:0004190 (aspartic-type endopeptidase activity); GO:0006508 (proteolysis) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF08284 (RVP_2); PF13650 (Asp_protease_2); PF13975 (gag-asp_proteas); PF30863 (PRO_PEG10-RTL1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131025553 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057811353.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057811353.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057811353.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057811353.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057811353.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:14951539 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B104,B73,C66,D5 |
Chr1:14951564 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A3,B14,C40,C55 |
Chr1:14951584 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C37,C46,C9 |
Chr1:14951600 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 23 | A16,A9,B100,B103,B14,B15,B19,B30,B41,B63,B85,B90,B91,B95,B97,C11,C13,C14,C21,C35,C63,C69,C79 |
Chr1:14951604 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B108 |
Chr1:14951618 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C16,C36 |
Chr1:14951619 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B30,B56,B67 |
Chr1:14951628 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A25 |
Chr1:14951634 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 9 | A16,A18,A22,B54,B75,C17,C49,C6,C72 |
Chr1:14951646 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 51 | A1,A10,A20,A22,A3,B110,B111,B115,B120,B121,B128,B13,B135,B140,B19,B2,B25,B27,B39,B4,B44,B56,B70,B77,B80,B9,B95,B97,C18,C20,C29,C34,C37,C39,C43,C46,C47,C49,C50,C51,C6,C61,C65,C70,C76,C78,C9,D4,D5,D6,D7 |
Chr1:14951652 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 8 | A10,A3,B126,B14,B80,B94,C40,C55 |
Chr1:14951680 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A25 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057811353.1PF08284
RVP_2 43-169 aa
PF13650
Asp_protease_2 63-150 aa
PF13975
gag-asp_proteas 63-152 aa
PF30863
PRO_PEG10-RTL1 72-168 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057811353.1 |
Pfam | PF08284 |
RVP_2 | Domain | 43 | 169 | 2e-28 | 99.6 | Retroviral aspartyl protease |
XP_057811353.1 |
Pfam | PF13650 |
Asp_protease_2 | Domain | 63 | 150 | 5e-08 | 34.3 | Aspartyl protease |
XP_057811353.1 |
Pfam | PF13975 |
gag-asp_proteas | Domain | 63 | 152 | 1.5e-08 | 35.8 | gag-polyprotein putative aspartyl protease |
XP_057811353.1 |
Pfam | PF30863 |
PRO_PEG10-RTL1 | Domain | 72 | 168 | 9.5e-10 | 39.6 | PEG10/RTL1 protease domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。