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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001596`

染色体: Chr05 坐标: 14668861-14673370 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001596`
名称	SmilChr05G001596
描述	uncharacterized SmilChr05G001596
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	14668861 - 14673370 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025556`
GeneID	`131025556`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025556`
原始查询	`LOC131025556`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os08g0315200` - identity=36.9; qcov=0.551; evalue=1.46e-27; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF03732 (PEG10_N-capsid); PF19259 (Ty3_capsid)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025556

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057811334.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057811334.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057811334.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811334.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057811334.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:14671922`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A16,A9,B29,B77,C58
`Chr5:14671924`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A24,B129
`Chr5:14671940`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	C41,C45,C50
`Chr5:14671940`	`CA`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	3	C41,C45,C50
`Chr5:14671987`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B26,B67
`Chr5:14672025`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B133
`Chr5:14672532`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B15
`Chr5:14672532`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B15
`Chr5:14672552`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B112
`Chr5:14672590`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	A4
`Chr5:14672590`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811334.1

305 aa

152

305

PEG10_N-capsid

Ty3_capsid

PF03732 PEG10_N-capsid 76-155 aa PF19259 Ty3_capsid 76-234 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811334.1`	Pfam	`PF03732`	PEG10_N-capsid	Domain	76	155	1.2e-14	55.1	Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain
`XP_057811334.1`	Pfam	`PF19259`	Ty3_capsid	Domain	76	234	5.5e-09	36.4	Ty3 transposon capsid-like protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955351.1
CACCTAAAATAATTATTAAGTTAAAATATTTATAACTTATCAACTAAAAGAATGAGAATTGCTTGTGCAGACTCCAATCCATATTCCATATTTTACATATCAGTATTCGCAGTATTTGACAAACATCACAGTATCAGTATTTGCAGTATTTGACAAACATCACAGCATGCCAAACTTGAATTAAATTTCCTTTCCGTAAGATTTGATTTTCTTCCACAAGCAACAAATTTTTGATTTCTTTCACATTCAAATCTTTGACG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025556
ATGAGGAATACACGCGCACAGTCCCACAACGCCGAGAGTTCAAATACTAATCACGAAGCAGAAGCAGGACGAACTCATCCAACAAATGGAGGAGACTTCATGAGTCAATTCTTGAGCGCTTTACAGGGTTTTGTCCAACAGCAGGCCCAAACTCAGGCTACCCAAACCGACCTAAACCGAACCTCTAACACGATAGATCAAGCTGTAGAGCGATTTCGAAACTATAATCCACCACGATTCAATGGACGTGATGGACCGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811334.1
MRNTRAQSHNAESSNTNHEAEAGRTHPTNGGDFMSQFLSALQGFVQQQAQTQATQTDLNRTSNTIDQAVERFRNYNPPRFNGRDGPLAAEEWLEELERIFTHINCSDEQKVSCAVFQLKEDARQWWKHFYRLLGEEDRNVLNWKIFKEVVMNKYFPLSFREKKETEFFELKQGNMTIEEYERKFNELARFAPHLVDTEDKMIARFRKGLRIDIKGIMAAHVIDDFSDLVKRAEEVGTALGTNHPTSKFTNQPMKRKWENP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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