Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001604`

染色体: Chr05 坐标: 14791024-14791884 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001604`
名称	SmilChr05G001604
描述	putative UPF0481 protein At3g02645
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	14791024 - 14791884 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025557`
GeneID	`131025557`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025557`
原始查询	`LOC131025557`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative UPF0481 protein At3g02645
产物	putative UPF0481 protein At3g02645
Arabidopsis	`AT3G02645` (AT3G02645) transmembrane protein, putative (DUF247) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:10723101] identity=32.2; qcov=1.01; evalue=2.46e-33; confidence=low
Rice	`Os06g0179500` - identity=33.5; qcov=1.06; evalue=4.91e-35; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF03140 (DUF247)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025557

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.80000	`XP_057811336.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057811336.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057811336.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811336.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057811336.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:14791094`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B6,C71
`Chr5:14791094`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B6,C71
`Chr5:14791194`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B75,C14,C73
`Chr5:14791222`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B6,C71
`Chr5:14791313`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D5
`Chr5:14791322`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A9,B132,B139
`Chr5:14791349`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A20,B126,B98
`Chr5:14791359`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B6,C71
`Chr5:14791374`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B109
`Chr5:14791377`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B125,B66,C35,D6
`Chr5:14791561`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B94
`Chr5:14791562`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B44,B75,C14,C73

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811336.1

286 aa

143

286

DUF247

PF03140 DUF247 6-286 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811336.1`	Pfam	`PF03140`	DUF247	Family	6	286	1.7e-23	84.3	Plant protein of unknown function

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955353.1
ATGAAGCACGACCTCCGCATCTGCGCCTGCTACCACCGCCCCGTCAACTTCGGCCCCGATGCCCTCTCTTGGATGATGGCCGTCGGCGTCTGCTTCATCTTCGAGTTCATCTGCATCTGCGCCATCAAGCAGGGAAAGATCATCGGCAAGATCCCCTCCGGCCTCTCCCACATCATCGACTCATCGGGGAACAAGACGGCGCACAACTCCATCCTCAGATATCTCTTCATGCTCAAGAACCAAATCCCTTTGTTTGTCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025557
ATGAAGCACGACCTCCGCATCTGCGCCTGCTACCACCGCCCCGTCAACTTCGGCCCCGATGCCCTCTCTTGGATGATGGCCGTCGGCGTCTGCTTCATCTTCGAGTTCATCTGCATCTGCGCCATCAAGCAGGGAAAGATCATCGGCAAGATCCCCTCCGGCCTCTCCCACATCATCGACTCATCGGGGAACAAGACGGCGCACAACTCCATCCTCAGATATCTCTTCATGCTCAAGAACCAAATCCCTTTGTTTGTCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811336.1
MKHDLRICACYHRPVNFGPDALSWMMAVGVCFIFEFICICAIKQGKIIGKIPSGLSHIIDSSGNKTAHNSILRYLFMLKNQIPLFVMRMMLELQFSSKETADKTLHSMTTRLSNDLSPFKPTDTVDMALVMEHTHLLDFLYHFIVPKTDISFPPHKIEDGEFGGEEEKKVMTVAEAFAEPTHMRKLVDIVWAMVSKLVRGPIALTKHVMFSKLMKVLVKLPWTILSKIPILKMLKEPIENVLQTLHNAKKDDGGDEESGS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器