Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001616`

染色体: Chr05 坐标: 14937506-14938240 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001616`
名称	SmilChr05G001616
描述	uncharacterized SmilChr05G001616
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	14937506 - 14938240 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025560`
GeneID	`131025560`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025560`
原始查询	`LOC131025560`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0205337; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os06g0205337; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT1G43760` (AT1G43760) DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840968] identity=28.6; qcov=0.758; evalue=2.69e-14; confidence=low
Rice	`Os06g0205337` - identity=29; qcov=0.848; evalue=1.16e-15; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025560

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057811339.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057811339.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057811339.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811339.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057811339.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:14937511`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B96
`Chr5:14937511`	`CA`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B96
`Chr5:14937524`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A10,A21,B122,B60,C85
`Chr5:14937525`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B103,C69
`Chr5:14937528`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B109,B137,B19,C39,C9
`Chr5:14937535`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B26
`Chr5:14937546`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A16,B138,B77,C48
`Chr5:14937578`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B41,D2
`Chr5:14937586`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	8	A10,A2,B121,B124,B16,B81,C58,C9
`Chr5:14937607`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B70,C19,C43,C47
`Chr5:14937615`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B41,C64,D2
`Chr5:14937627`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B108,C2,C49

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955356.1
ATGGAGATTTGGCCTCATTCTTTTGCGAGAGGTCTTCCAAGAACGGTGTCGGATCATTGTCCGATATTGATGGAAACTAAATTTGTGGATTGGGGACCAAAGCCGTTCCGGTTTATTAATGCATGGACTAGTCACCCGGATTTTGCTAGAATCGTCTCAGAATCTTGGAACAAAGAAGGAATTTCGGGCTGGAGCAGCTACGTCTATAAAGAAAAACTGAAGAGACTTAAAACTGATCTCAAATGCTGGAACAGAAACTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025560
ATGGAGATTTGGCCTCATTCTTTTGCGAGAGGTCTTCCAAGAACGGTGTCGGATCATTGTCCGATATTGATGGAAACTAAATTTGTGGATTGGGGACCAAAGCCGTTCCGGTTTATTAATGCATGGACTAGTCACCCGGATTTTGCTAGAATCGTCTCAGAATCTTGGAACAAAGAAGGAATTTCGGGCTGGAGCAGCTACGTCTATAAAGAAAAACTGAAGAGACTTAAAACTGATCTCAAATGCTGGAACAGAAACTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811339.1
MEIWPHSFARGLPRTVSDHCPILMETKFVDWGPKPFRFINAWTSHPDFARIVSESWNKEGISGWSSYVYKEKLKRLKTDLKCWNRNCFGLIEENIAKLRTEIEEWDVVDDTLGLEESESIKRNAAAANLLLQFKNRDSLLSQKARDRWLADGDVNSSYFHRMIKGRRAKNSLSGLLLNDRWVDEPSQVKKAVREHFEGQFKQRRGFRLSLPEDFVQKKLSRESRESLEHLFTEEEVKAAIWNCE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器