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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001635

染色体: Chr05 坐标: 15281650-15283298 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001635
名称SmilChr05G001635
描述dirigent protein 22-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向15281650 - 15283298 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025563
GeneID131025563
locus_tag-
NCBI NameLOC131025563
原始查询LOC131025563

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述dirigent protein 22-like
产物dirigent protein 22-like
ArabidopsisAT5G42510 (AT5G42510)
Disease resistance-responsive (dirigent-like protein) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834258]
identity=40.5; qcov=0.747; evalue=1.75e-33; confidence=medium
RiceOs12g0174700
-
identity=45.8; qcov=0.727; evalue=9.46e-37; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF03018 (Dirigent)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025563

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 0.80000 XP_057811343.1
2 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057811343.1
3 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057811343.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057811343.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811343.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:15281681 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,D11
Chr5:15282844 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B60,C9
Chr5:15282867 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B21,B58,B71,C74
Chr5:15282952 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A6,B49
Chr5:15282992 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A6,B49
Chr5:15283014 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B44,C60
Chr5:15283104 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:15283109 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A20,B30,C17,C36,C84
Chr5:15283141 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87
Chr5:15283191 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A4,C55,D4
Chr5:15283194 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 3 B60,C20,C9
Chr5:15283194 GT G 1bp_deletion CDS_variant 3 B60,C20,C9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811343.1
198 aa
N
1
99
198
Dirigent
C
PF03018 Dirigent 54-195 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057811343.1 Pfam PF03018 Dirigent Family 54 195 2.2e-43 148.2 Dirigent-like protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955360.1
ATGAATATGAGCTTAACGGGCCGGACTTACGCTTCCGTGATCTCCGAATTACATGTGAGATCAACTCTGAACCGAAACAAGCACACACGCTATATCGAGTACGCAAAAGAGGCAGAAAAGTGGTTCAGAAACGTGTCTCAACGCAAAGAAAAATTCGTAAAACTCCGTTTGTATATCCAAGACGCCTTAGGCGGGCCCAACGCCACCATTTGGGAGGTGGCGCGGGCCGAGGTCACTGCCGCCTCACCAACTTCATTCGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025563
ATGAATATGAGCTTAACGGGCCGGACTTACGCTTCCGTGATCTCCGAATTACATGTGAGATCAACTCTGAACCGAAACAAGCACACACGCTATATCGAGTACGCAAAAGAGGCAGAAAAGTGGTTCAGAAACGTGTCTCAACGCAAAGAAAAATTCGTAAAACTCCGTTTGTATATCCAAGACGCCTTAGGCGGGCCCAACGCCACCATTTGGGAGGTGGCGCGGGCCGAGGTCACTGCCGCCTCACCAACTTCATTCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811343.1
MNMSLTGRTYASVISELHVRSTLNRNKHTRYIEYAKEAEKWFRNVSQRKEKFVKLRLYIQDALGGPNATIWEVARAEVTAASPTSFGQVRVFDDLVTAEPDRNSAKLGRAQGLITSAGFHESAFAMNLNLVFMAGPYNGSTLSIAGRNPIHRLNRELPVVGGTGVFRMARGFSISNTYSYDPLQNYGVLEYVLYVSYV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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