Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001742`

染色体: Chr05 坐标: 16884111-16886972 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001742`
名称	SmilChr05G001742
描述	glycosyltransferase BC10-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	16884111 - 16886972 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025579`
GeneID	`131025579`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025579`
原始查询	`LOC131025579`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	glycosyltransferase BC10-like
产物	glycosyltransferase BC10-like
Arabidopsis	`AT1G10880` (AT1G10880) core-2/I-branching beta-1,6-n-acetylglucosaminyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28717231] identity=50.8; qcov=0.951; evalue=7.81e-139; confidence=high
Rice	`Os03g0731050` - identity=55.6; qcov=0.794; evalue=1.79e-130; confidence=high
GO	GO:0016020 (membrane); GO:0016757 (glycosyltransferase activity)
KEGG	-
Pfam	PF02485 (Branch)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025579

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Golgi apparatus	高尔基体	1.00000	`XP_057811362.1`
2	Golgi stack	高尔基堆	0.20000	`XP_057811362.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057811362.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811362.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057811362.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:16884199`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B130,C33
`Chr5:16884356`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B120,B27,B48,C2,C34
`Chr5:16884565`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	161	A1,A10,A11,A14,A16,A18,A19,A2,A20,A25,A5,A6,A8,B1,B101,B102,B103,B104,B107,B108,B109,B11,B110,B113,B117,B118,B12,B120,B122,B124,B126,B127,B130,B131,B132,B134,B135,B137,B138,B14,B140,B15,B17,B18,B2,B22,B23,B26,B27,B31,B32,B33,B35,B36,B38,B39,B40,B41,B44,B45,B46,B47,B48,B49,B5,B50,B54,B55,B56,B58,B6,B60,B63,B64,B65,B66,B68,B70,B71,B72,B74,B77,B78,B83,B87,B88,B9,B90,B91,B92,B93,B94,B95,B96,B97,B98,B99,C1,C10,C12,C14,C15,C16,C17,C18,C2,C21,C22,C23,C29,C3,C30,C32,C33,C34,C38,C39,C4,C40,C42,C43,C44,C45,C47,C48,C5,C51,C52,C54,C55,C58,C6,C60,C61,C62,C67,C68,C70,C71,C72,C73,C74,C75,C79,C80,C82,C83,C84,C87,C9,D1,D10,D11,D2,D3,D4,D5,D6,D7,D8,D9
`Chr5:16886354`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C15
`Chr5:16886720`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B120,B27,B48,C2,C34
`Chr5:16886884`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B11,B140,B21,C14,C85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811362.1

408 aa

204

408

Branch

PF02485 Branch 116-365 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811362.1`	Pfam	`PF02485`	Branch	Family	116	365	2.8e-75	253.8	Core-2/I-Branching enzyme

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955379.1
ATGGTTGGAACCGAAGTGTCCCTACGCATCCGAAGAGAAATCAGAGATGGGAAATTCCAAGTGGCGACAACTATAATCTTGTGTTTATCAGTTGCGTTCATTGTGTTAGTGTTGGGCATGATCATCAACGACCACTTGAAAAGATTCATGGTCTACGAGGATCTCTCAGCCTCCTCTCTCAACGCATTTCCTCCGCGGGTGTTTCCTTCCCCAACTCGACAGACGACGTTGCAGGAGTGGATTTTGCCGAGTGAGGTTTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025579
ATGGTTGGAACCGAAGTGTCCCTACGCATCCGAAGAGAAATCAGAGATGGGAAATTCCAAGTGGCGACAACTATAATCTTGTGTTTATCAGTTGCGTTCATTGTGTTAGTGTTGGGCATGATCATCAACGACCACTTGAAAAGATTCATGGTCTACGAGGATCTCTCAGCCTCCTCTCTCAACGCATTTCCTCCGCGGGTGTTTCCTTCCCCAACTCGACAGACGACGTTGCAGGAGTGGATTTTGCCGAGTGAGGTTTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811362.1
MVGTEVSLRIRREIRDGKFQVATTIILCLSVAFIVLVLGMIINDHLKRFMVYEDLSASSLNAFPPRVFPSPTRQTTLQEWILPSEVWHSMSDEEVMWRASMAPRIMEPPFNRTPKIAFMFLTRGRLPLAPLWEMFFEGNEGLFSIYLHTPPDSTYQPSESSLFYKRTIPSKSPSSPLSLSLFSLSKVIQKNLDELVQWGKSSMIDAERRLLANALLDFSNERFVLLSESCIPIFNFSTVYNYLINSNQSFLSAFDDPRPI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器