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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001757

染色体: Chr05 坐标: 17280640-17282124 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001757
名称SmilChr05G001757
描述uncharacterized SmilChr05G001757
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向17280640 - 17282124 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025581
GeneID131025581
locus_tag-
NCBI NameLOC131025581
原始查询LOC131025581

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=medium
产物hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis-
-
RiceOs06g0523701
-
identity=35; qcov=0.508; evalue=1.52e-39; confidence=medium
GOGO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025581

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057811364.1
2 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057811364.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811364.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057811364.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057811364.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:17280674 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr5:17280684 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A24,B82,C71
Chr5:17280742 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A24,B82
Chr5:17280751 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A23,B115
Chr5:17280781 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 9 B1,B11,B115,B138,C38,C61,C69,C7,C85
Chr5:17280784 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 9 B1,B11,B115,B138,C38,C61,C69,C7,C85
Chr5:17280787 A ACT 2bp_insertion frameshift_variant 10 B1,B11,B115,B138,C38,C61,C69,C7,C71,C85
Chr5:17280789 TCC T 2bp_deletion frameshift_variant 11 B1,B11,B115,B138,C38,C61,C69,C7,C71,C78,C85
Chr5:17280804 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 16 A6,B112,B28,B31,B75,B78,B87,C14,C20,C29,C41,C46,C52,C6,C63,D1
Chr5:17280961 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 4 B125,B28,C14,C46
Chr5:17280961 CA C 1bp_deletion CDS_variant 4 B125,B28,C14,C46
Chr5:17281027 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B1,B92

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955381.1
ATGGGGAAGAAAGAGCTATCCACCGAGCAACAAAATCAAATCGTGCAATTCATTCTTCACGGGTCCGTCAACGGCAAACCATCTCGAGGCAAGCTCTTGGAGGCGCAATTGAAGTGGTCTGTCTCGCGATGGACCATTTATCGGCTATGGGGGGCTGCAAAAAAACAACAAGAGAAAGGAAAAGTCATTCATCTTGTAAGCGGTAAGAAAACCAAGATAGTGAAGAAACAATTACACTTAGACACCACACTACTCTCTAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025581
ATGGGGAAGAAAGAGCTATCCACCGAGCAACAAAATCAAATCGTGCAATTCATTCTTCACGGGTCCGTCAACGGCAAACCATCTCGAGGCAAGCTCTTGGAGGCGCAATTGAAGTGGTCTGTCTCGCGATGGACCATTTATCGGCTATGGGGGGCTGCAAAAAAACAACAAGAGAAAGGAAAAGTCATTCATCTTGTAAGCGGTAAGAAAACCAAGATAGTGAAGAAACAATTACACTTAGACACCACACTACTCTCTAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811364.1
MGKKELSTEQQNQIVQFILHGSVNGKPSRGKLLEAQLKWSVSRWTIYRLWGAAKKQQEKGKVIHLVSGKKTKIVKKQLHLDTTLLSSLAYSKRGTIRRLVVGLGNSKSTVGRWVSAGLIRAHTSAIKPNLTAANKLLRMRFSLEALEVDRVLNKIKFKTMHNTVHIDEKWFYITKGAHRFYLAPEEVEPHRTCQSKKFIGKIMFICAASRPIFGDNGEVLFDGKIGIFHFTKQVPAKRSSKNRVAGTLETKPIESITKEV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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