当前解析结果
SmilChr05G001826| 统一新 Gene ID | SmilChr05G001826 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G001826 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr05G001826 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 18273201 - 18274916 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131025597 |
|---|---|
| GeneID | 131025597 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131025597 |
| 原始查询 | LOC131025597 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os02g0328500; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os02g0328500; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | AT5G27260 (AT5G27260)Myb/SANT-like DNA-binding domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832784] identity=24.5; qcov=0.972; evalue=1.13e-08; confidence=weak |
| Rice | Os02g0328500- identity=32.3; qcov=0.495; evalue=1.57e-19; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF12776 (Myb_DNA-bind_3) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131025597 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057811378.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057811378.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057811378.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057811378.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057811378.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:18273463 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B4,C61,C65 |
Chr5:18273508 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr5:18273515 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B126,C65,C8 |
Chr5:18273536 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B1,B126,C65,C8 |
Chr5:18273561 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B77,C74 |
Chr5:18273570 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B39,C65,C8 |
Chr5:18273579 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B59,C71 |
Chr5:18273624 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B112,B42,B59,C71 |
Chr5:18273704 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B16,C14 |
Chr5:18273881 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B101 |
Chr5:18273946 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B41 |
Chr5:18273948 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B21 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057811378.1PF12776
Myb_DNA-bind_3 22-117 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057811378.1 |
Pfam | PF12776 |
Myb_DNA-bind_3 | Domain | 22 | 117 | 9.9e-09 | 36.8 | Myb/SANT-like DNA-binding domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。