Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001930`

染色体: Chr05 坐标: 19635051-19638809 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001930`
名称	SmilChr05G001930
描述	uncharacterized SmilChr05G001930
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	19635051 - 19638809 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025621`
GeneID	`131025621`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025621`
原始查询	`LOC131025621`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT1G43760` (AT1G43760) DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840968] identity=29.8; qcov=0.237; evalue=1.06e-26; confidence=weak
Rice	`Os06g0484800` - identity=30.2; qcov=0.519; evalue=3.18e-76; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00078 (RVT_1); PF13966 (zf-RVT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025621

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057811401.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057811401.1`
3	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057811401.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811401.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057811401.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:19635058`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B77,B99,C26
`Chr5:19635066`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C77
`Chr5:19635071`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B59,B9
`Chr5:19635079`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr5:19635092`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B82
`Chr5:19635134`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B77,B99
`Chr5:19635139`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr5:19635153`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B42,B43,B92
`Chr5:19635158`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr5:19635165`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B134,B40,C2,C26
`Chr5:19635205`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A10,B122
`Chr5:19635209`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811401.1

1118 aa

559

1118

RVT_1

zf-RVT

PF00078 RVT_1 232-493 aa PF13966 zf-RVT 711-785 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811401.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	232	493	5.7e-32	111.9	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
`XP_057811401.1`	Pfam	`PF13966`	zf-RVT	Domain	711	785	2.3e-15	57.7	zinc-binding in reverse transcriptase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955418.1
ATGCTTCGTGTGATGCTGAAACTTAAAAGGTTGAAGGGGGATATCAAAGTTTGGAACAAAGAGATTTTTGGGAACGTGGACACTGCCATCTCTCAACTCCAACGACAACTTTCGGATACCCAGAATCGGATATCTGAGTCTGGCTATACGGACGCCTTGTTTGATGAGGAGGTGAGCATTCAAGCCAATTTGAATGTTACCCTCAGTCGGAAAAACAGCTTGCTTCAGCAAAAGAGTCGTATTTCTTGGCTTAAGGATGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025621
ATGCTTCGTGTGATGCTGAAACTTAAAAGGTTGAAGGGGGATATCAAAGTTTGGAACAAAGAGATTTTTGGGAACGTGGACACTGCCATCTCTCAACTCCAACGACAACTTTCGGATACCCAGAATCGGATATCTGAGTCTGGCTATACGGACGCCTTGTTTGATGAGGAGGTGAGCATTCAAGCCAATTTGAATGTTACCCTCAGTCGGAAAAACAGCTTGCTTCAGCAAAAGAGTCGTATTTCTTGGCTTAAGGATGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811401.1
MLRVMLKLKRLKGDIKVWNKEIFGNVDTAISQLQRQLSDTQNRISESGYTDALFDEEVSIQANLNVTLSRKNSLLQQKSRISWLKDGDRNTGFFQRMTKFKKKNASISHLKIDGVDCYDSKVIEQHVVSHFADLFKDDGHPGADHLDIDALIDATITERQNFELVSIPQEYEIKATVFSMDANSAPGPDGFSGHFFHTCWDIIQDDVVGAIQAFFQYSYLPTGCNSSTMVLIPKKDTVSTVSNLRPIVLSNFFFKIMSKL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器