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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001937

染色体: Chr05 坐标: 19724366-19724698 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001937
名称SmilChr05G001937
描述bZIP transcription factor 2-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向19724366 - 19724698 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025625
GeneID131025625
locus_tag-
NCBI NameLOC131025625
原始查询LOC131025625

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述bZIP transcription factor 2-like
产物bZIP transcription factor 2-like
ArabidopsisAT2G18160 (bZIP2)
basic leucine-zipper 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816329]
identity=64.2; qcov=0.736; evalue=1.27e-28; confidence=medium
RiceOs02g0132500 (OsbZIP14)
-
identity=53.7; qcov=0.745; evalue=1.88e-23; confidence=medium
GOGO:0000976 (transcription cis-regulatory region binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0045893 (positive regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
PfamPF00170 (bZIP_1); PF07716 (bZIP_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025625

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057811405.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811405.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811405.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057811405.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057811405.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:19724506 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B103
Chr5:19724568 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr5:19724635 CCA C 2bp_deletion frameshift_variant 12 A1,A19,A2,A7,B18,B41,B44,C25,C67,C75,C78,C86
Chr5:19724668 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B8,C2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811405.1
110 aa
N
1
55
110
bZIP_2
bZIP_1
C
PF07716 bZIP_2 8-53 aa PF00170 bZIP_1 8-66 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057811405.1 Pfam PF07716 bZIP_2 Coiled-coil 8 53 1.7e-06 28.7 Basic region leucine zipper
XP_057811405.1 Pfam PF00170 bZIP_1 Coiled-coil 8 66 1.8e-12 47.9 bZIP transcription factor

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955422.1
ATGAATTCCTCCTCGGAGCGGGAGCGGAAGCGGAGGAGAATGCAATCGAACCGTGAATCGGCGCGGCGGTCGCGGATGAGGAAGCAAAAGCATTTGGACGATCTGACGGCGGAGATTGCTCAGCTGTGGAGAGAAAATAAGCAGATCTTGAAGAGCATCAATGGTGGGACGCAGCAATGCATGAGAATGGAGGCACACAACTCGGTGCTGAGGGCTCAGATGATGGACCTCTCACAGAGGCTCCATTCCCTCAACCAACT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025625
ATGAATTCCTCCTCGGAGCGGGAGCGGAAGCGGAGGAGAATGCAATCGAACCGTGAATCGGCGCGGCGGTCGCGGATGAGGAAGCAAAAGCATTTGGACGATCTGACGGCGGAGATTGCTCAGCTGTGGAGAGAAAATAAGCAGATCTTGAAGAGCATCAATGGTGGGACGCAGCAATGCATGAGAATGGAGGCACACAACTCGGTGCTGAGGGCTCAGATGATGGACCTCTCACAGAGGCTCCATTCCCTCAACCAACT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811405.1
MNSSSERERKRRRMQSNRESARRSRMRKQKHLDDLTAEIAQLWRENKQILKSINGGTQQCMRMEAHNSVLRAQMMDLSQRLHSLNQLLTAHAPDSFFTTHHHPIMAFHYY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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