当前解析结果
SmilChr05G001937| 统一新 Gene ID | SmilChr05G001937 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G001937 |
| 描述 | bZIP transcription factor 2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 19724366 - 19724698 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131025625 |
|---|---|
| GeneID | 131025625 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131025625 |
| 原始查询 | LOC131025625 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | bZIP transcription factor 2-like |
| 产物 | bZIP transcription factor 2-like |
| Arabidopsis | AT2G18160 (bZIP2)basic leucine-zipper 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816329] identity=64.2; qcov=0.736; evalue=1.27e-28; confidence=medium |
| Rice | Os02g0132500 (OsbZIP14)- identity=53.7; qcov=0.745; evalue=1.88e-23; confidence=medium |
| GO | GO:0000976 (transcription cis-regulatory region binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0045893 (positive regulation of DNA-templated transcription) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00170 (bZIP_1); PF07716 (bZIP_2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131025625 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057811405.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057811405.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057811405.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057811405.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057811405.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:19724506 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B103 |
Chr5:19724568 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B75 |
Chr5:19724635 |
CCA |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 12 | A1,A19,A2,A7,B18,B41,B44,C25,C67,C75,C78,C86 |
Chr5:19724668 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B8,C2 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057811405.1PF07716
bZIP_2 8-53 aa
PF00170
bZIP_1 8-66 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057811405.1 |
Pfam | PF07716 |
bZIP_2 | Coiled-coil | 8 | 53 | 1.7e-06 | 28.7 | Basic region leucine zipper |
XP_057811405.1 |
Pfam | PF00170 |
bZIP_1 | Coiled-coil | 8 | 66 | 1.8e-12 | 47.9 | bZIP transcription factor |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。