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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G002005`

染色体: Chr05 坐标: 20751887-20755958 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G002005`
名称	SmilChr05G002005
描述	uncharacterized SmilChr05G002005
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	20751887 - 20755958 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025639`
GeneID	`131025639`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025639`
原始查询	`LOC131025639`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT4G29090` (AT4G29090) Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829030] identity=27.8; qcov=0.423; evalue=1.54e-58; confidence=low
Rice	`Os06g0484800` - identity=30.9; qcov=0.608; evalue=8.59e-107; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity)
KEGG	-
Pfam	PF00078 (RVT_1); PF13456 (RVT_3); PF13966 (zf-RVT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025639

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057811420.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057811420.1`
3	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057811420.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811420.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057811420.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:20751889`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A15,B102,B14,C10,C37
`Chr5:20751911`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B31,B40,B5,B67,C6
`Chr5:20751931`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B31,B40,B5,B67,C6
`Chr5:20751961`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B5
`Chr5:20751963`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C31,C5,D6
`Chr5:20752115`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B138,C31,C71,D1,D4
`Chr5:20752138`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B110,B137,C25,C3,C5
`Chr5:20752141`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B110,B137,C25,C3,C5
`Chr5:20752168`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C2
`Chr5:20752193`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C2
`Chr5:20752222`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C2
`Chr5:20752226`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811420.1

1333 aa

666

1333

RVT_1

zf-RVT

RVT_3

PF00078 RVT_1 482-718 aa PF13966 zf-RVT 1019-1090 aa PF13456 RVT_3 1197-1316 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811420.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	482	718	9.4e-31	108.0	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
`XP_057811420.1`	Pfam	`PF13966`	zf-RVT	Domain	1019	1090	5.3e-09	37.3	zinc-binding in reverse transcriptase
`XP_057811420.1`	Pfam	`PF13456`	RVT_3	Domain	1197	1316	1.3e-17	64.6	Reverse transcriptase-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955437.1
ATGATTTGCCTAGTTTGGAATGCGCGGGGGTTGGGGAGCTCCCACGCATTCCATGAACTCCGTCGGTTAGTTACCGGCTACTCCCCGCTTGTGCAGTTCATTTGCGAGACAAAAGTCACTACGAAGAAATGTAATTGGTGGCGTTCTGTCCTACATTTTGATGGACAACTGGTCGTTGATTCTAAAGGTGCGAGTGGCGGGCTTATGCTCCTTTGGAATGAACCTTGCGTGGTTAACGTGTCAAGTTTTTCCGACGGACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025639
ATGATTTGCCTAGTTTGGAATGCGCGGGGGTTGGGGAGCTCCCACGCATTCCATGAACTCCGTCGGTTAGTTACCGGCTACTCCCCGCTTGTGCAGTTCATTTGCGAGACAAAAGTCACTACGAAGAAATGTAATTGGTGGCGTTCTGTCCTACATTTTGATGGACAACTGGTCGTTGATTCTAAAGGTGCGAGTGGCGGGCTTATGCTCCTTTGGAATGAACCTTGCGTGGTTAACGTGTCAAGTTTTTCCGACGGACA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811420.1
MICLVWNARGLGSSHAFHELRRLVTGYSPLVQFICETKVTTKKCNWWRSVLHFDGQLVVDSKGASGGLMLLWNEPCVVNVSSFSDGHIDCVIQNNDILWRFTGFYGNPDVQKRHHSWTLMQRLATSGMLNIPWLIGGDFNEITNRAESCDRSRRPWAQMRDFNSAIKFCGLKTIPCDAAFSWYNKRKGDDARFLMLDRFLCNRMMEDTFDFGEVKVLDTHGSDHNPLLLSLSVRNDHFERGNGYKSQECRPLHDRLERCQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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