当前解析结果
SmilChr05G002015| 统一新 Gene ID | SmilChr05G002015 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G002015 |
| 描述 | glycine-rich cell wall structural protein 1.0-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 20900129 - 20900494 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131025640 |
|---|---|
| GeneID | 131025640 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131025640 |
| 原始查询 | LOC131025640 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | glycine-rich cell wall structural protein 1.0-like |
| 产物 | glycine-rich cell wall structural protein 1.0-like |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131025640 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057811422.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057811422.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057811422.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057811422.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057811422.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:20900220 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B77,B95,C14 |
Chr5:20900249 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A25,B126,C10,C3,C82 |
Chr5:20900254 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C32,C68,C79 |
Chr5:20900276 |
G |
GT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 13 | B113,B123,B128,B29,B41,B43,B49,B85,B90,B92,C29,C63,C67 |
Chr5:20900303 |
AG |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 3 | C32,C68,C79 |
Chr5:20900303 |
AG |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 3 | C32,C68,C79 |
Chr5:20900313 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B19,B27,C56,C60 |
Chr5:20900327 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B19,B27,C56,C60 |
Chr5:20900341 |
AG |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 28 | A20,A23,A4,B101,B104,B121,B127,B13,B133,B34,B4,B47,B65,B77,B87,C10,C19,C20,C22,C26,C29,C30,C37,C65,C81,C83,C87,C9 |
Chr5:20900410 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B12,B121 |
Chr5:20900462 |
CGT |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 108 | A11,A14,A15,A19,A2,A20,A21,A23,A4,A8,A9,B100,B101,B102,B104,B105,B107,B108,B111,B119,B120,B122,B123,B127,B129,B13,B131,B132,B133,B134,B136,B138,B140,B15,B19,B20,B21,B22,B27,B29,B34,B38,B39,B4,B42,B43,B45,B46,B49,B51,B53,B56,B58,B59,B62,B68,B7,B72,B77,B82,B83,B85,B87,B88,B90,B92,B96,C10,C13,C19,C20,C24,C25,C26,C29,C3,C30,C32,C34,C35,C36,C37,C38,C39,C42,C43,C45,C48,C56,C59,C60,C63,C64,C66,C76,C77,C79,C81,C82,C83,C84,C85,C87,D3,D4,D5,D8,D9 |
Chr5:20900490 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B33,B46,C60 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。