Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G002032`

染色体: Chr05 坐标: 21128086-21129444 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G002032`
名称	SmilChr05G002032
描述	uncharacterized SmilChr05G002032
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	21128086 - 21129444 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025642`
GeneID	`131025642`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025642`
原始查询	`LOC131025642`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0597250; species=rice; confidence=high
产物	hit=Os06g0597250; species=rice; confidence=high
Arabidopsis	`AT2G13770` (AT2G13770) nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815861] identity=53.5; qcov=0.281; evalue=4.24e-38; confidence=weak
Rice	`Os06g0597250` - identity=51.4; qcov=0.861; evalue=1.25e-144; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF04827 (Plant_tran); PF13359 (DDE_Tnp_4); PF28509 (DUF8418)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025642

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057811424.1`
2	Chromosome	染色体	0.40000	`XP_057811424.1`
3	Telomere	端粒	0.20000	`XP_057811424.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057811424.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057811424.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:21128090`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B94,C29
`Chr5:21128092`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B35,C71
`Chr5:21128117`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A5,B137
`Chr5:21128119`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B122,C61
`Chr5:21128123`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B108,B64
`Chr5:21128129`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B102,C37,C47,C52,C72
`Chr5:21128145`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C37,C72
`Chr5:21128163`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	3	B105,C3,C76
`Chr5:21128163`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B105,C3,C76
`Chr5:21128164`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B98
`Chr5:21128171`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B84,D2
`Chr5:21128263`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B121,B46,C31,C49,C80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811424.1

452 aa

226

452

DUF8418

Plant_tran

DDE_Tnp_4

PF28509 DUF8418 72-111 aa PF04827 Plant_tran 180-382 aa PF13359 DDE_Tnp_4 209-372 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811424.1`	Pfam	`PF28509`	DUF8418	Domain	72	111	1.7e-21	76.4	Domain of unknown function (DUF8418)
`XP_057811424.1`	Pfam	`PF04827`	Plant_tran	Family	180	382	4.5e-107	357.0	Plant transposon protein
`XP_057811424.1`	Pfam	`PF13359`	DDE_Tnp_4	Domain	209	372	2.6e-10	40.9	DDE superfamily endonuclease

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955441.1
ATGTCTGTGAATGAAAACTCTTCAGTTGATTCAGACTCAAGTTCTGATGTTTCCCATTCCAATGAACTTGATGAATGGGAAGAACGAGTTTATCAACAAAATCGTCAACTTGATAGCATTATCCAGAATATGATCATAAACAATCATAATCTGATTGTAGGAAATCAAATTCCAACAGCCAACAGGAGATATTCTGATAGGGAACGCGAGTTTGGTGCAGAGCGTTTGATCAACGACTACTTCAGTGACAGCCCAACGTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025642
ATGTCTGTGAATGAAAACTCTTCAGTTGATTCAGACTCAAGTTCTGATGTTTCCCATTCCAATGAACTTGATGAATGGGAAGAACGAGTTTATCAACAAAATCGTCAACTTGATAGCATTATCCAGAATATGATCATAAACAATCATAATCTGATTGTAGGAAATCAAATTCCAACAGCCAACAGGAGATATTCTGATAGGGAACGCGAGTTTGGTGCAGAGCGTTTGATCAACGACTACTTCAGTGACAGCCCAACGTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811424.1
MSVNENSSVDSDSSSDVSHSNELDEWEERVYQQNRQLDSIIQNMIINNHNLIVGNQIPTANRRYSDREREFGAERLINDYFSDSPTYTPEIFRRRFRMQKSLFIRIVEAVTANDEFFQQRRDATGRFGLSSLQKCTGAMRVLAYGTSSDVVDEYLRMSSSSTRDALVHFVEGVISCFGGTYLRMPNEQDLARLLYVGEQRGFPGMIGSIDCMHWEWKNCPNAWAGQYTGRSGKPTIILEAVASYDLWIWHAFFGTPGSCN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器