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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002118

染色体: Chr05 坐标: 22252551-22253630 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002118
名称SmilChr05G002118
描述uncharacterized SmilChr05G002118
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向22252551 - 22253630 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025660
GeneID131025660
locus_tag-
NCBI NameLOC131025660
原始查询LOC131025660

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis-
-
RiceOs06g0523701
-
identity=44.3; qcov=0.23; evalue=5.91e-17; confidence=weak
GOGO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025660

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057811438.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057811438.1
3 Telomere 端粒 0.20000 XP_057811438.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811438.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811438.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:22252559 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B139,C15,C20
Chr5:22252566 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 101 A10,A14,A16,A18,A19,A2,A4,A6,A7,A8,B10,B100,B105,B109,B11,B111,B118,B120,B124,B125,B13,B132,B135,B137,B139,B14,B140,B16,B18,B21,B23,B25,B29,B30,B34,B35,B38,B39,B40,B41,B42,B43,B46,B47,B51,B53,B57,B59,B62,B63,B64,B7,B70,B71,B74,B75,B76,B77,B78,B79,B84,B88,B89,B9,B90,B92,B93,B94,B97,B99,C11,C12,C16,C19,C20,C22,C23,C25,C29,C34,C35,C36,C46,C56,C57,C59,C60,C62,C69,C72,C74,C75,C76,C78,C81,C87,C9,D10,D4,D5,D9
Chr5:22252606 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B9
Chr5:22252615 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B69,B91
Chr5:22252636 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr5:22252637 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B129,B71,C27,C58
Chr5:22252641 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C47,C53
Chr5:22252644 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B71,C27,C58
Chr5:22252650 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 2 A21,C35
Chr5:22252650 G GA 1bp_insertion CDS_variant 2 A21,C35
Chr5:22252660 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr5:22252662 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C32

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955455.1
ATGCACAACACAATCCACATTGATGAGAAATGGTTCTACATAACCAAGTCCAACCAAAGGTTTTACTTAACCCCTGTAGAGATTGAGCCTCATAGAACCTGTAAAAGCAAAAAATTCATCACCAAGGTGATGTTTATGTGTGCAGTGTGTAGGCCTATCTTTGGCCCTGATGGAGAATGCCTATTTGATGGAAAAATAGGCATTTTTCCATTTACTGAACTGGTACCAGCAAAGAGGAAGAGTAAGAACAGGGAGGCAGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025660
ATGCACAACACAATCCACATTGATGAGAAATGGTTCTACATAACCAAGTCCAACCAAAGGTTTTACTTAACCCCTGTAGAGATTGAGCCTCATAGAACCTGTAAAAGCAAAAAATTCATCACCAAGGTGATGTTTATGTGTGCAGTGTGTAGGCCTATCTTTGGCCCTGATGGAGAATGCCTATTTGATGGAAAAATAGGCATTTTTCCATTTACTGAACTGGTACCAGCAAAGAGGAAGAGTAAGAACAGGGAGGCAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811438.1
MHNTIHIDEKWFYITKSNQRFYLTPVEIEPHRTCKSKKFITKVMFMCAVCRPIFGPDGECLFDGKIGIFPFTELVPAKRKSKNREAGTMEWKPIQSITKEVVNDCLTNKAKWPSFASKVIYIQQDNARPYIKDNDPDFRAAASSDGFEIHLVHQPPNSPDTNINDLGWFRAIQSLQTESVCNNVADLLMAVQNSFQQLSAQTLNKVFLSLQSCMIEILKVKGQNCYKIPHLKKDALIRQDMLPLNLEVDSRLIRECIAYL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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