Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002136

染色体: Chr05 坐标: 22453516-22454850 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002136
名称SmilChr05G002136
描述uncharacterized SmilChr05G002136
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向22453516 - 22454850 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025665
GeneID131025665
locus_tag-
NCBI NameLOC131025665
原始查询LOC131025665

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=low
产物zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT2G01050 (AT2G01050)
zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]
identity=26.2; qcov=0.424; evalue=2.14e-22; confidence=low
RiceOs09g0268800
-
identity=26.2; qcov=0.498; evalue=1.36e-08; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025665

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057811444.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057811444.1
3 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.20000 XP_057811444.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057811444.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811444.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:22453529 G GAT 2bp_insertion frameshift_variant 3 B117,B128,C52
Chr5:22453529 G GAT 2bp_insertion CDS_variant 3 B117,B128,C52
Chr5:22453537 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B134,B48,C30,C52
Chr5:22453538 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A3,B103,B113,C3,C61
Chr5:22453555 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 3 B134,B48,C30
Chr5:22453555 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B134,B48,C30
Chr5:22453564 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 7 B4,C27,C47,C67,C70,C78,D8
Chr5:22453575 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A7
Chr5:22453604 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85
Chr5:22453612 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B129,B140,B35,C32,C68
Chr5:22453658 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C51
Chr5:22453665 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B100,B140,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955461.1
ATGGCTTCTCCGGGCCTTCTCGCCGGTCAGGATCGACCTCAGACACCGAAAATCTCATCCAACTTTGATCCTCCAAACAGTGGTAAGGCTGCGGTTCCTTTGGGTTATGATAAAGATACACCAACTAAGGTTTTGCCTGGTAGGGTTTCGCCTGCTAGGGGTGAGGATACTCGGACTGTCACGTCGGGAACGCACGCAAATCCTATTCAGGCTGCAGGGAACAACACTTTGAATCCGGTTGCAAAATCCTACGCGGAAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025665
ATGGCTTCTCCGGGCCTTCTCGCCGGTCAGGATCGACCTCAGACACCGAAAATCTCATCCAACTTTGATCCTCCAAACAGTGGTAAGGCTGCGGTTCCTTTGGGTTATGATAAAGATACACCAACTAAGGTTTTGCCTGGTAGGGTTTCGCCTGCTAGGGGTGAGGATACTCGGACTGTCACGTCGGGAACGCACGCAAATCCTATTCAGGCTGCAGGGAACAACACTTTGAATCCGGTTGCAAAATCCTACGCGGAAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811444.1
MASPGLLAGQDRPQTPKISSNFDPPNSGKAAVPLGYDKDTPTKVLPGRVSPARGEDTRTVTSGTHANPIQAAGNNTLNPVAKSYAEVSSVEEFQFALIGRILLRKGDKPRPYGDIKKELQELWNIQGPWNLIPMGKGYYTCKFSIADDKSRAKKQLLWELPTGSIRLREWAKVFDPYKEVSSLCHTWVHIYYLPVECWHPEVIIGISRHIGLPIKIDNASVEGQFGHFARILLEIDLALPLQESLLVNCDEGSFYVEFVY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器