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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002153

染色体: Chr05 坐标: 22744894-22745601 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002153
名称SmilChr05G002153
描述uncharacterized SmilChr05G002153
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向22744894 - 22745601 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025668
GeneID131025668
locus_tag-
NCBI NameLOC131025668
原始查询LOC131025668

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low
产物hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs06g0523701
-
identity=34.8; qcov=0.868; evalue=5.1e-39; confidence=low
GOGO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025668

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057811446.1
2 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057811446.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811446.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057811446.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057811446.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:22744917 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 2 B119,B121
Chr5:22744917 C CT 1bp_insertion CDS_variant 2 B119,B121
Chr5:22744924 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B121,C4
Chr5:22744955 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,C35,C38
Chr5:22744965 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A20,B100
Chr5:22744977 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B134,B30
Chr5:22745033 GGT G 2bp_deletion frameshift_variant 56 A1,A19,A2,A24,A4,A5,A8,B101,B110,B111,B135,B136,B137,B18,B28,B34,B35,B38,B39,B40,B44,B59,B60,B64,B66,B69,B7,B70,B71,B88,B89,B9,B94,B97,B99,C11,C13,C14,C19,C22,C24,C30,C34,C42,C46,C54,C60,C62,C67,C69,C72,C76,C77,C8,C87,D4
Chr5:22745036 T TAA 2bp_insertion frameshift_variant 56 A1,A19,A2,A24,A4,A5,A8,B101,B110,B111,B135,B136,B137,B18,B28,B34,B35,B38,B39,B40,B44,B59,B60,B64,B66,B69,B7,B70,B71,B88,B89,B9,B94,B97,B99,C11,C13,C14,C19,C22,C24,C30,C34,C42,C46,C54,C60,C62,C67,C69,C72,C76,C77,C8,C87,D4
Chr5:22745061 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 26 A16,A19,B103,B120,B129,B130,B131,B136,B140,B15,B26,B29,B5,B55,B6,B60,B63,B74,B83,B95,C18,C27,C33,C37,C71,D5
Chr5:22745067 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 7 B12,B13,B23,C10,C52,D1,D5
Chr5:22745083 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B133,C15
Chr5:22745089 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 74 A10,A13,A2,A21,A22,A24,A4,A5,A6,A8,B1,B10,B100,B103,B104,B112,B114,B117,B119,B12,B125,B127,B130,B133,B137,B139,B18,B2,B35,B41,B43,B46,B48,B53,B55,B58,B59,B67,B7,B73,B8,B80,B82,B9,B90,C11,C15,C20,C25,C31,C33,C35,C38,C4,C44,C45,C47,C50,C51,C55,C56,C57,C59,C60,C65,C66,C69,C73,C76,C78,C85,C86,D1,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955463.1
ATGGCTAGAAGGAAGGATCTTTCTTCCTTTGAGAGGGCTGCCATAATCCAATTTCTTCTTGAAGGAAGCCAAAGTGGAAAACCAGCTAGAGGCAAGATCAATGCCGCGGTGCAAAAGTGGAGCTATTGCCGACGAACGATTAGTCGTATTTTGGCAGCTGCAAATAAACAAAGAGAAAGTGGTGAGGTAATTAGTTCATTGAGTAAAAAAAAGCTAAGGCCAAGGAGAAAACCTGTAGAACTTGATTTACATTTGATTGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025668
ATGGCTAGAAGGAAGGATCTTTCTTCCTTTGAGAGGGCTGCCATAATCCAATTTCTTCTTGAAGGAAGCCAAAGTGGAAAACCAGCTAGAGGCAAGATCAATGCCGCGGTGCAAAAGTGGAGCTATTGCCGACGAACGATTAGTCGTATTTTGGCAGCTGCAAATAAACAAAGAGAAAGTGGTGAGGTAATTAGTTCATTGAGTAAAAAAAAGCTAAGGCCAAGGAGAAAACCTGTAGAACTTGATTTACATTTGATTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811446.1
MARRKDLSSFERAAIIQFLLEGSQSGKPARGKINAAVQKWSYCRRTISRILAAANKQRESGEVISSLSKKKLRPRRKPVELDLHLIASLELSKRSTIRRLACGIKCSKSTVGRWIKSGLIKPHSSAIKPDLTAPNKLLRLRSSLEALEYDRILRSLTFKSMHNTVHIDEKWFYITKSAQRFYLTPEEIEPHKTCKNKKFITKVMFMCAVCRPVLGADGECLFSYNRKKEDIVCKK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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