Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G002155`

染色体: Chr05 坐标: 22753431-22754573 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G002155`
名称	SmilChr05G002155
描述	uncharacterized SmilChr05G002155
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	22753431 - 22754573 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025670`
GeneID	`131025670`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025670`
原始查询	`LOC131025670`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=low
产物	zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT2G01050` (AT2G01050) zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629] identity=31.1; qcov=0.439; evalue=4.37e-27; confidence=low
Rice	`Os12g0156200` - identity=24.3; qcov=0.466; evalue=1.5e-08; confidence=weak
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025670

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057811449.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057811449.1`
3	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.20000	`XP_057811449.1`
4	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	0.20000	`XP_057811449.1`
5	P-body	P-body	0.20000	`XP_057811449.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:22753492`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B117,C32,C68,D1
`Chr5:22753505`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C39
`Chr5:22753508`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	17	B104,B128,B134,B137,B16,B29,B50,B65,B70,B81,B97,C31,C50,C55,C57,C75,D9
`Chr5:22753514`	`CAA`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	5	B119,B77,C43,C68,C80
`Chr5:22753514`	`CAA`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	5	B119,B77,C43,C68,C80
`Chr5:22753517`	`C`	`CGG`	2bp_insertion	frameshift_variant	5	B119,B77,C43,C68,C80
`Chr5:22753517`	`C`	`CGG`	2bp_insertion	CDS_variant	5	B119,B77,C43,C68,C80
`Chr5:22753529`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B12
`Chr5:22753538`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B82,B94,C72
`Chr5:22753565`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	12	A10,B112,B126,B59,B80,B98,C18,C2,C48,C59,C79,C8
`Chr5:22753575`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B100,B78,C28,C70
`Chr5:22753576`	`CCA`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	16	B10,B103,B110,B114,B16,B25,B32,B74,B98,C25,C39,C5,C82,C9,D3,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955466.1
ATGAACCTCAACGTCGACAGCAACTCTGGTCCCTCAGGCGCTGGTGGCCTGAACCTACCCATACTTACCAATAATTTCACCCCACGGCCGCAACTTGCCATTGATAACGCCATGAAAGGCGCTGGGAGGAATGAGACCGCCGCAAGTCGGACTCATGGAGATTCAATCAACAACGCTGAGAATAGAGTTTCGCGAGGTAAAGAAATTGTGGACGGCTCCATGCTTGAAGACGTGAATAATGGAAGATCGTATGCGGATAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025670
ATGAACCTCAACGTCGACAGCAACTCTGGTCCCTCAGGCGCTGGTGGCCTGAACCTACCCATACTTACCAATAATTTCACCCCACGGCCGCAACTTGCCATTGATAACGCCATGAAAGGCGCTGGGAGGAATGAGACCGCCGCAAGTCGGACTCATGGAGATTCAATCAACAACGCTGAGAATAGAGTTTCGCGAGGTAAAGAAATTGTGGACGGCTCCATGCTTGAAGACGTGAATAATGGAAGATCGTATGCGGATAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811449.1
MNLNVDSNSGPSGAGGLNLPILTNNFTPRPQLAIDNAMKGAGRNETAASRTHGDSINNAENRVSRGKEIVDGSMLEDVNNGRSYADMASNRAPKRPDLPAHHYHALRPTKEGDQFSFKIPKDLLQKEIAQFAHALTGRLLLKKGKKPKTAMMVKKKLQNLWDVQASWKLIPLGKGYYTMIFNTAEDKLRVKAQNTWEVSRGHLRIREWTKNFDPFKEHSSLANVWVRIHYLPIEYWNVKVLTGIARFVGHPLRVDGMSAQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器