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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002175

染色体: Chr05 坐标: 23184734-23187820 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002175
名称SmilChr05G002175
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向23184734 - 23187820 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025674
GeneID131025674
locus_tag-
NCBI NameLOC131025674
原始查询LOC131025674

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
产物probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
ArabidopsisAT3G47570 (AT3G47570)
Leucine-rich repeat protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823911]
identity=41.6; qcov=1.03; evalue=0; confidence=medium
RiceOs11g0490200
-
identity=41.1; qcov=1.06; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0009755 (hormone-mediated signaling pathway)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025674

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057811452.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057811452.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811452.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811452.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057811452.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:23184915 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 23 A22,B130,B136,B140,B16,B30,B36,B45,B59,B66,B72,B76,B85,B86,B90,B91,B92,C21,C33,C70,C83,C84,D11
Chr5:23184947 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr5:23185173 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:23185197 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A20,B133,B69,B9,C15
Chr5:23185305 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B34,C79
Chr5:23185666 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A7,C40
Chr5:23185810 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B82
Chr5:23185810 GT G 1bp_deletion CDS_variant 1 B82
Chr5:23186285 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,C35,C38
Chr5:23186304 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24
Chr5:23186319 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:23186395 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B69,C62

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811452.1
959 aa
N
1
480
959
LRRNT_2
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 29-66 aa PF00560 LRR_1 119-140 aa PF00560 LRR_1 192-213 aa PF00560 LRR_1 264-285 aa PF00560 LRR_1 386-408 aa PF00560 LRR_1 458-480 aa PF13855 LRR_8 487-542 aa PF00560 LRR_1 507-529 aa PF00560 LRR_1 556-577 aa PF00069 Pkinase 667-948 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 670-950 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057811452.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 29 66 5.4e-11 43.3 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057811452.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 119 140 1.5e-39 126.2 Leucine Rich Repeat
XP_057811452.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 192 213 1.5e-39 126.2 Leucine Rich Repeat
XP_057811452.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 264 285 1.5e-39 126.2 Leucine Rich Repeat
XP_057811452.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 386 408 1.5e-39 126.2 Leucine Rich Repeat
XP_057811452.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 458 480 1.5e-39 126.2 Leucine Rich Repeat
XP_057811452.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 487 542 4.5e-30 103.9 Leucine rich repeat
XP_057811452.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 507 529 1.5e-39 126.2 Leucine Rich Repeat
XP_057811452.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 556 577 1.5e-39 126.2 Leucine Rich Repeat
XP_057811452.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 667 948 1.2e-35 123.9 Protein kinase domain
XP_057811452.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 670 950 4.5e-37 128.5 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955469.1
ATGGCAAAATTCATGACGATTCTTCCTCTATCAATCTTCTTCTTCTTCCTCATTTTCCCTCCACCTGCATCATGTTCCACCAATCAAACAGACCAACTCTCATTACTCGCCATAAAATCAAGCCTTCAAGATCCACAAGGAGCTCTCACCTCATGGAACCAAACACTCCCTCTCTGCAGCTGGAAAGGCATCCAATGCCGCGGCGGCAGAGTCGTCGCTCTAAACTTGACATCTCAAGGCCTTGTCGGCAACCTCTCCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025674
ATGGCAAAATTCATGACGATTCTTCCTCTATCAATCTTCTTCTTCTTCCTCATTTTCCCTCCACCTGCATCATGTTCCACCAATCAAACAGACCAACTCTCATTACTCGCCATAAAATCAAGCCTTCAAGATCCACAAGGAGCTCTCACCTCATGGAACCAAACACTCCCTCTCTGCAGCTGGAAAGGCATCCAATGCCGCGGCGGCAGAGTCGTCGCTCTAAACTTGACATCTCAAGGCCTTGTCGGCAACCTCTCCCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811452.1
MAKFMTILPLSIFFFFLIFPPPASCSTNQTDQLSLLAIKSSLQDPQGALTSWNQTLPLCSWKGIQCRGGRVVALNLTSQGLVGNLSPHVGNLSSLTTILLRNNSFQGPIPAEITLLSTLQILDFSYNFFMGAIPTNLSQCTNLVRLALTRNLLHGTIPIELGFLPKLEAIAFSRNQNISGPIPSSFGNLTTLTSLSLGSCSLAGEIPESLGRLRRLAYLQLSVNGFTGSIPHALFNLSDVYYFDVSVNHLEGVIPSTIGF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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