Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002202

染色体: Chr05 坐标: 23470965-23471387 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002202
名称SmilChr05G002202
描述uncharacterized SmilChr05G002202
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向23470965 - 23471387 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025676
GeneID131025676
locus_tag-
NCBI NameLOC131025676
原始查询LOC131025676

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025676

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057811455.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057811455.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057811455.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811455.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811455.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:23470975 G GGT 2bp_insertion frameshift_variant 61 A13,A14,A16,A18,A5,B105,B11,B112,B117,B120,B123,B130,B131,B134,B136,B137,B138,B15,B18,B21,B34,B38,B4,B41,B47,B49,B52,B53,B55,B56,B57,B58,B69,B7,B74,B79,B83,B84,B88,B93,B94,B96,B99,C10,C11,C15,C16,C19,C28,C30,C43,C45,C49,C50,C55,C60,C63,C66,C71,C75,D7
Chr5:23470977 T TGA 2bp_insertion frameshift_variant 2 B91,C67
Chr5:23470977 T TGA 2bp_insertion CDS_variant 2 B91,C67
Chr5:23470990 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B124,B132,C16
Chr5:23471029 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr5:23471045 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B38
Chr5:23471079 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A2,B80,B94,C19,C50
Chr5:23471117 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B124,B46,B81,C59,C84
Chr5:23471127 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B101,B76,C47
Chr5:23471137 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A6
Chr5:23471182 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B114,C18,C60
Chr5:23471204 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 7 B135,B42,B43,B53,C15,C45,C80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955472.1
ATGAGGGCCCCAGCCGACCAGAGGGACAAGTCCAAGTGGTGTGAGTTCCATGCAGACCATGGGCATCGGACAGAGGATTGCATCGCCCTCAGATTGGAAGTGGCCCACCTACTAAACCAAGGCCACCTCACCGATTACCTAACCGAAAAGGGCAAGCTTACCCTACAACAAGGAAGGGATAGACAAGAGAAACACAGGGACGACAGCCCACCAGACCTGCCACACCATGAGAGAACTGTGAACGTGATATCCGGAGGCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025676
ATGAGGGCCCCAGCCGACCAGAGGGACAAGTCCAAGTGGTGTGAGTTCCATGCAGACCATGGGCATCGGACAGAGGATTGCATCGCCCTCAGATTGGAAGTGGCCCACCTACTAAACCAAGGCCACCTCACCGATTACCTAACCGAAAAGGGCAAGCTTACCCTACAACAAGGAAGGGATAGACAAGAGAAACACAGGGACGACAGCCCACCAGACCTGCCACACCATGAGAGAACTGTGAACGTGATATCCGGAGGCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811455.1
MRAPADQRDKSKWCEFHADHGHRTEDCIALRLEVAHLLNQGHLTDYLTEKGKLTLQQGRDRQEKHRDDSPPDLPHHERTVNVISGGSEVSGITHSASKRHARQARSSKTGAPPSGKAGPTDPTLTISFATSESDKLLPPS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器