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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002218

染色体: Chr05 坐标: 23712805-23713233 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002218
名称SmilChr05G002218
描述uncharacterized SmilChr05G002218
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向23712805 - 23713233 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025679
GeneID131025679
locus_tag-
NCBI NameLOC131025679
原始查询LOC131025679

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述SOUL heme-binding family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832136]; symbol=HBP5; hit=AT5G20140; species=arabidopsis; confidence=medium
产物SOUL heme-binding family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832136]; symbol=HBP5; hit=AT5G20140; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT5G20140 (HBP5)
SOUL heme-binding family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832136]
identity=54.2; qcov=0.754; evalue=3.73e-36; confidence=medium
RiceOs06g0597900
-
identity=58.2; qcov=0.472; evalue=1.63e-17; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF10184 (DUF2358)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025679

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057811456.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.60000 XP_057811456.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057811456.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811456.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811456.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:23713020 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr5:23713059 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B24,C82,D11
Chr5:23713069 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,D8
Chr5:23713070 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C44
Chr5:23713088 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B122,B24,C82,D11,D8
Chr5:23713104 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,D8
Chr5:23713158 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B24,C82,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811456.1
142 aa
N
1
71
142
DUF2358
C
PF10184 DUF2358 79-141 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057811456.1 Pfam PF10184 DUF2358 Domain 79 141 6.2e-10 40.0 Uncharacterized conserved protein (DUF2358)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955473.1
ATGGCCGTCTCACACTTCCCCGCCACCGTTCCACGGTCGACCACACAGCGGTGCGCCGCCAACTTTCATCCGCTCCCGACCACCACCACCACTTTTTTCCCCGCAGCACGGAAGCAGAAAAACAATAGCTTTGTGCCGTTGAGGACCACTGACCAAGTGAAGTCTTTAAAGTGGGTGAGAAGTGTCGCCGCCCAAGAACAACTCCCGCCAAAACCCGAAACCTTGGACATGCAGAAGCTGGTTGATTTCCTGTACGAGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025679
ATGGCCGTCTCACACTTCCCCGCCACCGTTCCACGGTCGACCACACAGCGGTGCGCCGCCAACTTTCATCCGCTCCCGACCACCACCACCACTTTTTTCCCCGCAGCACGGAAGCAGAAAAACAATAGCTTTGTGCCGTTGAGGACCACTGACCAAGTGAAGTCTTTAAAGTGGGTGAGAAGTGTCGCCGCCCAAGAACAACTCCCGCCAAAACCCGAAACCTTGGACATGCAGAAGCTGGTTGATTTCCTGTACGAGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811456.1
MAVSHFPATVPRSTTQRCAANFHPLPTTTTTFFPAARKQKNNSFVPLRTTDQVKSLKWVRSVAAQEQLPPKPETLDMQKLVDFLYEDLPHLFDDRGIDPMAHDERVKFRDAITKHDTISGYLFNIAMLRKLFSPNFQLHWIK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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