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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002343

染色体: Chr05 坐标: 25398713-25399320 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002343
名称SmilChr05G002343
描述uncharacterized SmilChr05G002343
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向25398713 - 25399320 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025709
GeneID131025709
locus_tag-
NCBI NameLOC131025709
原始查询LOC131025709

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
产物hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs06g0484800
-
identity=33.9; qcov=0.785; evalue=7.3e-17; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025709

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057811484.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057811484.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057811484.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811484.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811484.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:25398741 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A23,B131,B52,C29
Chr5:25398742 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 24 A13,A8,B11,B118,B120,B126,B14,B19,B27,B3,B47,B62,B67,B70,B71,B8,C2,C40,C41,C45,C56,C65,C81,C85
Chr5:25398753 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B27,B99,C87
Chr5:25398787 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35
Chr5:25398790 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B106,B139
Chr5:25398795 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C53
Chr5:25398811 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 5 A23,B131,B140,B52,C29
Chr5:25398811 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A23,B131,B140,B52,C29
Chr5:25398864 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C35
Chr5:25398864 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35
Chr5:25398879 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A23,B131,B140,B52,C29
Chr5:25398880 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 82 A21,A4,A7,A9,B106,B110,B111,B112,B119,B123,B129,B133,B134,B138,B140,B16,B2,B20,B22,B30,B31,B33,B36,B38,B39,B4,B41,B47,B48,B50,B55,B56,B57,B59,B62,B63,B66,B71,B78,B81,B82,B87,B88,B90,B92,B96,B98,C1,C13,C14,C17,C19,C21,C22,C23,C24,C27,C32,C34,C35,C41,C45,C46,C5,C53,C54,C6,C61,C64,C66,C68,C70,C74,C8,C80,C83,C84,C86,C9,D11,D3,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955501.1
ATGGCGATTGGAGACTCACAGGTTTCTATGGCTATCCGGAAAGAAACCGCAGGCGGGAGTCTTGGAACCTCTTACGTCGCTTGCGGCATATCGGATATTCCTCTTTCCGGTTATCAGTTCACCTGGTCTAGAGGTATGGGAACTGCTCATTTTGTTGAAGAGCGTCTTGCTAGGGCCATGGCGAACAATGATTGGAAAGCTCTCTTCCCCGAGACAACTCTCATTCCACTCACGGTAACCATGTCCGATCATATGCCTAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025709
ATGGCGATTGGAGACTCACAGGTTTCTATGGCTATCCGGAAAGAAACCGCAGGCGGGAGTCTTGGAACCTCTTACGTCGCTTGCGGCATATCGGATATTCCTCTTTCCGGTTATCAGTTCACCTGGTCTAGAGGTATGGGAACTGCTCATTTTGTTGAAGAGCGTCTTGCTAGGGCCATGGCGAACAATGATTGGAAAGCTCTCTTCCCCGAGACAACTCTCATTCCACTCACGGTAACCATGTCCGATCATATGCCTAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811484.1
MAIGDSQVSMAIRKETAGGSLGTSYVACGISDIPLSGYQFTWSRGMGTAHFVEERLARAMANNDWKALFPETTLIPLTVTMSDHMPILLKCKNVALASVTRRFRFENKWCLESDLQNVVKNCWTNLQGISVTNRLMAVSESLTVWSSHLRSQERRTKA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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