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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002376

染色体: Chr05 坐标: 26042943-26044946 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002376
名称SmilChr05G002376
描述uncharacterized SmilChr05G002376
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向26042943 - 26044946 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025718
GeneID131025718
locus_tag-
NCBI NameLOC131025718
原始查询LOC131025718

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os12g0142900; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os12g0142900; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis-
-
RiceOs12g0142900
-
identity=33.3; qcov=0.162; evalue=1.2e-08; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025718

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057811492.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057811492.1
3 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.40000 XP_057811492.1
4 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.40000 XP_057811492.1
5 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057811492.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:26043005 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B38,B69,B85,B88,C8
Chr5:26043007 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B38,B69,B85,B88,C8
Chr5:26043021 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B71
Chr5:26043045 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B71
Chr5:26043045 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B71
Chr5:26043056 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B29,B69
Chr5:26043059 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A8,B101,B35,C14
Chr5:26043061 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B81
Chr5:26043077 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B66,D10
Chr5:26043084 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:26043101 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 27 A22,B104,B113,B12,B13,B137,B26,B35,B38,B39,B46,B47,B55,B67,B69,B83,B85,B88,B91,C27,C29,C39,C46,C58,C63,C8,D7
Chr5:26043114 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 17 A16,B109,B122,B133,B5,B54,B55,B56,B85,B88,C23,C34,C42,C54,C84,D2,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955509.1
ATGCAGCAGCCGCAACAGCAAAACTACCGTCCTCCACATCAAAGGACGGGGTATCAAGCTCTAAAAACTCAGCAGCATACTCCCGAAAAGCAAGGCAAGTCGCTTGAGGAGATGATGGCGGATTTGATTGGTAACCAGCAATTTTTGCAAGGTAATGTGCAGCAGCTTCAACAATCTCAAGCCGAGCAGAAGGTGCAAATCGAGGGGCTAGCTCGTCAGATGTCCCAGCTCGCAACATCCATGAATCAACTTAGGGAAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025718
ATGCAGCAGCCGCAACAGCAAAACTACCGTCCTCCACATCAAAGGACGGGGTATCAAGCTCTAAAAACTCAGCAGCATACTCCCGAAAAGCAAGGCAAGTCGCTTGAGGAGATGATGGCGGATTTGATTGGTAACCAGCAATTTTTGCAAGGTAATGTGCAGCAGCTTCAACAATCTCAAGCCGAGCAGAAGGTGCAAATCGAGGGGCTAGCTCGTCAGATGTCCCAGCTCGCAACATCCATGAATCAACTTAGGGAAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811492.1
MQQPQQQNYRPPHQRTGYQALKTQQHTPEKQGKSLEEMMADLIGNQQFLQGNVQQLQQSQAEQKVQIEGLARQMSQLATSMNQLRENNGALPSQVYVNPKENVNKITLRSGTELNGPTFQGSQGSPRADSGVDSCEEQFENSVDTIDSIIQPAEQSGLAKQNRGSAVKQKKKEAEVESTKEEQTKVSKSSSLYDPKVAISVPFPGRLARKKPEEELIDFVKIFGKLEVNLPFLQALKIPPYGKFVKDFIAGKSKATGKIV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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