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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G002398`

染色体: Chr05 坐标: 26477009-26481142 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G002398`
名称	SmilChr05G002398
描述	uncharacterized SmilChr05G002398
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	26477009 - 26481142 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025722`
GeneID	`131025722`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025722`
原始查询	`LOC131025722`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT1G43760` (AT1G43760) DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840968] identity=28.1; qcov=0.295; evalue=8.38e-41; confidence=weak
Rice	`Os06g0484800` - identity=29.2; qcov=0.612; evalue=1.71e-105; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity)
KEGG	-
Pfam	PF00078 (RVT_1); PF13456 (RVT_3); PF13966 (zf-RVT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025722

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057811497.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057811497.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057811497.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811497.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057811497.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:26477009`	`TTA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	16	A14,A16,B107,B138,B50,B56,B57,B6,B79,C10,C13,C45,C5,C63,C73,C87
`Chr5:26477027`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B80,B98,C50
`Chr5:26477035`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B1,B104
`Chr5:26477070`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C1
`Chr5:26477082`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D1
`Chr5:26477089`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	32	B107,B114,B117,B13,B130,B132,B14,B18,B29,B30,B37,B44,B55,B58,B63,B72,B75,B8,B87,B9,B90,B92,B98,C15,C37,C42,C50,C51,C57,C7,C71,C74
`Chr5:26477198`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B44
`Chr5:26477198`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B44
`Chr5:26477217`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	15	B117,B130,B18,B29,B30,B63,B72,B75,B87,B90,C42,C51,C57,C7,D11
`Chr5:26477232`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B35
`Chr5:26477255`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B123,B4,B49,C32,C68
`Chr5:26477343`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811497.1

1377 aa

688

1377

RVT_1

zf-RVT

RVT_3

PF00078 RVT_1 499-758 aa PF13966 zf-RVT 1018-1096 aa PF13456 RVT_3 1226-1345 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811497.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	499	758	7.9e-30	105.0	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
`XP_057811497.1`	Pfam	`PF13966`	zf-RVT	Domain	1018	1096	1.7e-14	55.0	zinc-binding in reverse transcriptase
`XP_057811497.1`	Pfam	`PF13456`	RVT_3	Domain	1226	1345	2.8e-16	60.3	Reverse transcriptase-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955514.1
ATGAATATTTTTTCTTGGAATGTTAGGGGGCTCAATGAGGAAACTCGTCGAGCACTTCATGATCACTGTAAGAGATTTCATCCGATTCTTATGGGCATTTATGAACCTAAGAATGTTTTTTCCAAAATTCTTGTTGCATTTTGGAACTCTATCGGTCTTTCTCCGATTTTTCAAAATTTCCGGCCAGGTCGAAGCTCAAATATCTGGGTTTGTGCGGCGCCGAATGTTGCTGCTTCTTTGGTTTTTGCTTCCAGTCAAAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025722
ATGAATATTTTTTCTTGGAATGTTAGGGGGCTCAATGAGGAAACTCGTCGAGCACTTCATGATCACTGTAAGAGATTTCATCCGATTCTTATGGGCATTTATGAACCTAAGAATGTTTTTTCCAAAATTCTTGTTGCATTTTGGAACTCTATCGGTCTTTCTCCGATTTTTCAAAATTTCCGGCCAGGTCGAAGCTCAAATATCTGGGTTTGTGCGGCGCCGAATGTTGCTGCTTCTTTGGTTTTTGCTTCCAGTCAAAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811497.1
MNIFSWNVRGLNEETRRALHDHCKRFHPILMGIYEPKNVFSKILVAFWNSIGLSPIFQNFRPGRSSNIWVCAAPNVAASLVFASSQTIIVDCTWKNISFRAAFIHGENMHTERRHLWIDLLNNMVEKMIIIGDFNAVKGAHERKSTCLPNGTSCREFGDFIAASGLIEANTTGLFFTWCGRRNLPSHVESVLDRGLFTSDFANLWDSLNIHVMPRFSSDHSPLILQCMERAIVNRKPFKFLNMWLTHQDFREFVKVSWHA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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